1260年八月，也松格所率的先锋军与药木忽儿二人率领的东路军于麻思契之地相遇，双方随即展开激战，也松格率军三进三出，将东路军击溃，而后进逼至和林。
与此同时，沿河西走廊回撤的浑都海二人在行至甘州时，与阿兰达儿所率的西路军相遇了，二人决定合兵一处，不再北返，继续南下进攻川陕之地，但这一计划却没有得到另一名掌军大将哈剌不花的支持，他认为兵戈大事如此反复，定然不会成功，于是便率领本部兵马离开了他们，自行返回草原。
浑都海与阿兰达儿也没有强迫他必须留下，二人率军再次折返回关中，并遣使秘密联络远在四川的纽璘，许以高官厚禄，希望与他南北呼应，夹攻川陕之地；此时的纽璘已经被忽必烈下诏放了出来，面对着他们的拉拢，他不为所动，反而将他们返回关中的消息主动禀告给了忽必烈。
在接到这个消息后，忽必烈不敢耽误，一面命令汪良臣及八春二人统军迎敌，一面命令追随他的亲王合丹（窝阔台第六子）、合必赤（哈撒儿之子）等人率军前去支援。
九月，双方于删单（今甘肃山丹县）展开决战，浑都海与阿兰达儿不敌，被斩杀于此，合丹与八春等人乘胜追击，趁机将畏吾儿地区也控于毂中。
阿里不哥没想到自己的东西两路军都溃败的如此之快，完全被忽必烈打了个措手不及，此时的和林已经混乱不堪，因为这里的日常物资供给都必须要从汉地运过来，但自从阿里不哥与忽必烈开战之后，忽必烈便掐断了对于和林的物资供应，导致这里的物价一涨再涨，饥荒也随之而来。
在这种情况下，阿里不哥决定主动放弃和林，率军退往自己的封地乞儿吉思（今蒙古国乌布苏省吉尔吉斯湖附近）。
除此之外，阿里不哥还派遣了他的‘铁杆追随者’——阿鲁忽（察合台之孙，拜答儿之子）返回察合台汗国，他交给了阿鲁忽三个任务：
一、征兵和筹集军械粮草
二、防备西方的旭烈兀，阻止对方东援
三、杀掉忽必烈派往察合台汗国的使者——阿必失哈（察合台之孙，木阿秃干之子）
阿鲁忽得令后，如离弦之箭一般返回了察合台汗国，在他抵达可失合儿（喀什）边境时，已经聚集了十五万人马，不仅如此，他还娶了察合台汗国的实际掌权人，哈剌旭烈的遗孀——兀鲁忽乃。
在掌握了如此强大的军事力量后，阿鲁忽却表现出了一副暴发户的嘴脸，以前自己没实力，面对着阿里不哥的颐指气使他只能唯唯诺诺，现在自己手里有兵有粮，而且阿里不哥想赢很大程度上还要依靠自己的支持，阿鲁忽自然不甘心继续在阿里不哥的面前装孙子。
于是在阿里不哥再一次派来使者催促他出兵时，阿鲁忽再也忍不了了，他也同样干了三件事回应阿里不哥：
一、扣留了阿里不哥的财物
二、杀掉了阿里不哥派来的使者
三、遣使去往忽必烈处，与他通好
过河拆桥，不外如是。
阿鲁忽这哥们，忒不讲究！
公元1261年九月，经过休整的阿里不哥率领十万骑兵突袭了驻守在漠北的也松格，在击溃对方之后趁势越过漠南，开始了对忽必烈的第二次进攻。
忽必烈也不甘示弱，亲率十五万大军北上，在和林南侧的昔土木脑儿（昔土木湖，位于今内蒙古锡林郭勒盟）展开大战。
面对着阿里不哥所率领的十万精锐蒙古骑兵，忽必烈将己方的十五万大军分为左中右三路列阵，其中左右两侧为蒙古骑兵，中间是汉军步兵。
忽必烈这么布阵也确实是出于无奈，虽然己方人多，但是骑兵太少了，在冷兵器时代，尤其还是在平原地形上，以步兵对骑兵，胜算是很低的，所以他只能让精锐的蒙古骑兵位于两侧，用来保护位于中央的步兵军团。
阿里不哥也发现了忽必烈方的劣势，于是便主动发起了进攻，企图速战速决，毕其功于一役。
左右两侧的战事自不必说，毕竟都是蒙古骑兵，战法和战术基本没有任何区别，短时间内很难分出高下。
中间的步兵军团才是此次作战的关键点，在面对着蒙古骑兵密集的箭雨时，汉军步兵们没有坐以待毙，他们选调出了一批强弓手同样以箭矢回击，而后又以长矛加盾牌的组合正面迎战，短时间内倒也没有落入下风。
如此大战了一日后，双方谁都没有占到便宜，阿里不哥兵马略少，于是便主动收军回营，等待援军的到来。
次日，阿速台率领数万援军赶到，阿里不哥大喜，自觉胜券在握，于是再次主动发起了进攻。
忽必烈见状，暗道不妙，但却只能硬着头皮迎战。
可面对着人数相当的蒙古骑兵时，步兵的劣势就显现出来了，忽必烈一方的士兵逐渐招架不住，落入了下风。
就在此为难之时，忽必烈决定孤注一掷，他命令史天泽率领汉军中仅存不多的三千骑兵绕到阿里不哥后方，伺机对他们的薄弱处展开进攻，希望能挽救战场的颓势。
史天泽也不负众望，敏锐地发现了对方的一处漏洞，在塔察儿的配合下击溃了阿里不哥的右路军，帮助忽必烈稳住了阵脚。
但即便如此，其余两路的作战也让忽必烈损失惨重，无力扩大战果，两军再次打成平手。
在此战过后，双方暂时达成默契，没有继续开战，反而在原地修筑工事营帐，展开对峙。
正所谓屋漏偏逢连夜雨，厄难专挑苦命人，就在忽必烈与阿里不哥在昔土木脑儿对峙的同时，忽必烈的后院起火了。
1262年春，山东行省李璮叛乱。
让我们先来认识一下这个人吧。
李璮，父亲李全，本为金国将领，后降蒙古，担任攻宋先锋，1231年正月十五，被宋将赵范、赵葵兄弟二人用计诱杀。
在李全死后，李璮便继承了他的官职和兵马，担任益都行省，一举成为了蒙古帝国中最强大的汉人军阀之一。
此人年纪轻轻便身居高位，为人极其自负，认为天下英雄不过尔尔，自己也有着自立为帝的野心，可他的能力和他的野心却完全不成正比。
1258年，蒙哥征讨南宋，向李璮发出征兵令，李璮以“益都乃南北要冲，兵不可撤”为由，拒不发兵。
次年，李璮又以需要巩固城防为由私自截留了山东的盐课与赋税，并加固益都城防，大批量地储备粮秣，并向南宋发起进攻，夺取海州（今江苏连云港）等四城，同时还派出亲信，在辖区之外以高价与政府竞买军马。
忽必烈于开平即位后，对于李璮的野心也有所察觉，不过阿里不哥的威胁更加急迫，他无力兼顾，于是便以高官厚禄对其进行安抚，用来换取后方的暂时稳定。
1260年六月，忽必烈下旨，封李璮为江淮大都督，而后又多次赏赐金银符印，允许他自用益都路盐课，并将他的岳父王文统提拔为中书省平章政事，希望以此来安抚住他。
除了岳父王文统之外，李璮还娶了塔察儿的妹妹为妻，所以在蒙古帝国内部，他也有着一部分蒙古贵族的支持者。
可即便如此，李璮也没有放弃自己的造反计划，反而借助着忽必烈无暇顾及自己的这段时间，秘密联络山东、河北境内的汉人世侯军阀，希望与他们结成战略同盟。
除此之外，在郝经所率的使团途径自己的辖区出使南宋之时，李璮拒绝让他们通过，并跟他说提前去南宋通报的两人已被南宋楚州安抚所杀，让他们原路返回，希望能以此来断绝蒙宋和谈，加深忽必烈对于自己的倚重。
但郝经不为所动，依然坚持出使，在无法从李璮的辖区通过后，他便转道宿州，经过了五个月的风餐露宿，终于在当年秋末进入南宋境内，可令他万万没想到的是，他刚入宋境，便被南宋丞相贾似道密令淮东制置司，以李璮兴兵犯境为借口，将使团扣押于真州（今江苏仪征）。
贾似道与李璮其实没有直接联系，他们能配合的如此天衣无缝，是因为贾似道心里有鬼，在得知郝经即将出使南宋的时候，贾似道就生怕对方的到来会让自己在鄂州的‘大捷’原形毕露，于是才匆忙将其扣押。
可郝经没想到的是，这一关，就是整整十六年。
1261年末，趁忽必烈与阿里不哥在前线对峙，难以分身他顾之际，李璮决定开始他的造反大计，他先是命人私下联络在朝中担任质子的儿子李彦简逃回了山东，而后将辖区内诸城中的蒙古戍军尽皆杀掉，随即遣使于南宋，献涟、海等三城，请求宋军发兵支援自己；面对着送上门的城池，南宋一方自然十分乐意，于是封他为保信宁武军节度使，督视京东河北等路军马，齐郡王，但也仅限于给了这些空头支票，对于他要求派兵支援的提议完全忽略，只是命边境守军提高警惕，做好与蒙古军交战的准备。
虽然从南宋一方没有得到太多的支持，但李璮本来也没对他们有太多的指望，只希望他们别从背后捅自己刀子就行。
1262年二月三日，李璮正式反叛，自海州乘战船返回益都，驻守在益都的宣抚副使王磐知道情况不妙，急忙逃往济南。
二月初八，李璮进入益都，立即便举行了盛大的出征仪式，兵发济南，同时传檄于山东、河北，号召诸汉人世侯军阀与他共同举兵，反抗蒙古的统治。
可令他没想到的是，平常那些跟他称兄道弟，好到恨不得穿同一条裤子的汉人军侯们，在接到了他的檄文后，仿佛都成了哑巴与聋子，响应者竟寥寥无几。
李璮还是太嫩了，他天真的认为汉人军侯与他同为汉族，定然对蒙古人这些异族有着天然的阶级仇恨，但他却忽略了，在经历了辽金统治之后，北方汉地已不如南方一般，将宋朝视为唯一的正统，因此恢复宋室这种口号根本没有多少号召力；而且如史天泽、张柔、严忠范这些汉人世侯，投靠蒙古时间已久，早已与蒙古一荣俱荣、一损俱损，他们都满足于在蒙古帝国的统治下依然能够割据一方的实权和地位，没有绝对的把握怎么可能背叛？
除此之外，忽必烈与前几任可汗完全不同，他重视汉人，又能虚心纳谏，汉人再也不是没有出头之日，反而在朝中所占据的权柄越来越重，这些汉人军侯都认为忽必烈是他们在蒙古帝国中推行汉法的最佳人选，还指望着在他的手下获得更多的实惠，更不可能跟着他去造反了。
更何况，若是民族大义总能凌驾于利益之上，世上哪还有汉奸了？
不仅如此，李璮还发现了一件令他更绝望的事，百姓们在得知了他起兵的消息后，避之不及，竟四散逃走，“民闻璮反，皆入保城郭，或奔窜山谷，由是自益都至临淄数百里，寂无人声”，这一情况也说明，李璮反叛在当时，是很不得民心的。
想一想，也能理解，毕竟平民百姓所求，无外乎吃饱穿暖而已，单反能有一条活路，谁会自己往造反这种死路上走呢？
不过事已至此，李璮也是骑虎难下，只能硬着头皮一条路走到黑了。
其实李璮能够反叛，最大的依仗还是来自于忽必烈正与阿里不哥在前线交战，根本抽不出手来对付他。
但李璮不知道的是，就在他宣布反叛的同一时间，阿里不哥竟然撤军了。不得不说，不论是阿里不哥还是李璮，他们都吃亏在了信息闭塞这一环节上。
阿里不哥此时撤军，其实是有原因的，因为阿鲁忽的突然倒戈，导致本就缺少后勤补给的前线大军更加缺衣少粮，再僵持下去，肯定是无法与拥有着汉地的忽必烈继续抗衡的，而且蒙古人历来最恨叛徒，所以此时阿里不哥撤军，并没有直接返回草原，反而是浩浩荡荡地朝着察合台汗国杀去。
不过他这一走，可让忽必烈得到了喘息的机会，于是急忙召姚枢入帐商量平叛之策。
姚枢经过仔细判断后，给忽必烈分析道，李璮此今，有上中下三策可选：上策是趁忽必烈北伐之际，率精锐直入燕京，封闭居庸关，占据他的大本营，扰乱民心；中策是与南宋联合，做好打持久战的准备，从四面八方不断袭扰，使蒙古大军疲于奔命；下策则是出兵济南，等待山东诸侯增援，若是选择此计，则必败无疑。
忽必烈追问：“今贼将安出？”
姚枢断然答道：“出下策！”
事实证明，姚枢不愧为当世最伟大的战略家之一，他对于战局的分析达到了惊人的准确。