南京城可以说是一场大明和刑天军之间最大规模的一场会战，加上战前刑天军的准备时间，历时总共一个月的时间左右，整体上歼灭了南直隶官军近十万左右，其中有近八万官军是主动放下了武器投降了刑天军，这些人之中近三分之一后来被刑天军重新整编，归入到了肖天健麾下，其余的则令其解甲归田，遣返回原籍务农抑或是就地安置做工。
对于那些南京留守官员，其中大部最终不是被刑天军生擒，就是直接投降了刑天军，对于这部分官员，肖天健也择其中有能力之人予以留用，其余的则发至各地编管。[]
但是也有十几个南京留守官员，最终城破之际选择了以身殉国，要么带着家丁死战被杀，要么便选择了自尽。
至于刑天军入城之后，在城中勋贵、豪绅、贪官家中抄没出来的财物，就不用细表了，绝对是一个惊人的数字，起码让肖天健吃两年是没问题的，至于缴获的甲胄、武器，自然也不是少数，起码再武装起来几万精兵也是没有多大的问题的。
而值得一提的是其中的历史名臣史可法，他在定淮门被破的时候，坐镇城西一带的聚宝门，听闻城破之后，他带着义子史德威率兵赶往城北，试图力挽狂澜，将定淮门重新夺回来，但是何奈在他得到消息之后，孙应元已经战死，大批刑天军已经攻入城中，史德威麾下官军在遭遇刑天军之后，仅仅是坚持了不到一个钟头，便自行溃散，最终史德威被擒，史可法在回天无力之下，跳下了城墙殉国而死。
肖天健直至南京城彻底被控制之后，亲自过问之下，才找到了史可法的遗体，对于史可法的死，肖天健颇为无奈，也十分痛惜，不过他也知道，这是没有办法的人，对于史可法这样忠贞的大明之臣，即便是抓住了他，也很难说服他投降自己，最终他还是会选择赴死的，这也许就是他这样的人的命运，国倾之时，是免不了会出现这样的事情的。
于是肖天健便下令收殓史可法的遗体，同样也予以厚葬，同时他抽时间在下葬史可法的时候，还亲自前去上香，予以纪念，算是成全了他这样一个忠臣的忠名。
同时肖天健下令厚待史可法的家人，保护他的家人和财产不受任何骚扰，在南京城之中就地择地安置，并且将一处没收的院子赐给了他的家人居住，也算是给予了最高的礼遇。
而单单打下南京城，还不是南直隶之战的结束，在肖天健控制了南京城之后，立即便派罗立刘耀本等将开始朝着四周攻略了起来。
南京城的失守，丁启睿被俘，无疑将整个南直隶残余的地区的指挥系统彻底破坏，使得南直隶剩下的那些官府控制的地区，都陷入到了群龙无首各自为战的境地之中，同时也给南直隶乃至天下的官府乃至官军一个最为严重的打击，官军和刑天军的兵力在这个时候已经彻彻底底的被逆转了过来，所以不管是在兵力上还是士气上，南直隶各处在南京城被破之后，都已经失去了和刑天军对抗的基础了。
也就在南京城被破没几天时间的九月底，滁州便在李栓柱率部抵达城下的时候，宣布了开城投降，十月初六刑天军水军运送大批兵将配合刘耀本所部的主力兵抵扬州城，这个时候扬州知府任育民誓不投降，率领扬州城中近万守军跟刘耀本所部对抗，总兵庄子固更是率部夜间出城对刘耀本所部进行夜袭，但是因为刑天军提前的宣传，扬州城中的军民倒是对刑天军并不是很抵触，而且南京方面在被破之后，有南京的居民到了扬州，告知扬州人刑天军乃是仁义之师，破南京城之后，并未大掠，反倒是开仓放赈救济城中饥民。
本来老百姓最怕的就是刑天军这样的贼军破城之后祸害百姓，但是听闻这些事情之后，自然也就不会敌视刑天军了，虽说当官的还有一些有钱人以及一些读书人仇视刑天军，认为大明才是正统，可是老百姓就没这种觉悟了，天下谁来做跟他们关系不大，最关键的还是吃饱肚子最重要，上半年的时候江南洪水，扬州城也遭水祸，但是官府却不思赈济，有钱人更不肯拿钱出来赈灾，反倒是许多粮商趁机闭粜，惜粮不售，导致了城内外不少人家被饿死，所以老百姓并不支持官府。
于是在刘耀本率部攻打扬州城四天之后，城中内应趁乱起事，令刘耀本所部攻入西门，扬州城也就此告破，守军也都听说了刑天军优待俘虏的事情，所以城破之后抵抗并不激烈，很快便放下了武器投降了刘耀本，根本没有像历史上史可法在南京抵挡清军时候，发生太过激烈的争夺战。
与此同时罗立领兵进抵常州府，常州府抵抗也仅仅两天时间，城中知府因为不肯投降被手下一个官吏带人抓了起来，随即开城献降，常州府当即便宣告被破。
这时候刑天军已经完全有能力数路兵马分兵行动，对南直隶一带展开了大规模的进攻行动，但是相较于刑天军这边的统一调动，南直隶各处都是在各自为战，每每一处遭到刑天军攻击的时候，其它地方的官军只考虑自保的问题，根本不予支援，所以刑天军很容易便在局部形成优势兵力，很快攻破城池。
官府在这个时候也已经彻底失去了民心，刑天军只要所到之处，往往百姓都会立即举双手欢迎，掉头帮着刑天军攻城拔寨，就连一些守军也暗中找刑天军联络，刑天军一到便马上投降，掉头便成了刑天军的人，使得接下来这一个多月时间，刑天军各部的行动非常之顺利，各部分兵进击，不让各地官府做任何准备，便势如破竹一般的连续攻下了滁州、扬州府、常州府、苏州府、镇江府、松江府等地，其中滁州、常州、镇江等地更是几乎不费吹灰之力，官府和城中守军便主动开城献降，其余的虽然进行了抵抗，但是抵抗也并不激烈，守军之中有人倒戈一击，顿时便宣告城破，到了十一月的时候，整个南直隶也仅剩下了东北部的淮安府和宁国府两府尚没有被刑天军所破，但是只要刑天军会师北上，这两地估计也很难坚持多久。
南京被破的消息很快便传至了京师之中，崇祯听罢之后当场便哭晕了过去，朝野更是一片哀声，那些朝臣勋贵们更是一个个如同惊弓之鸟一般惶惶不知所措，到了这个时候谁都知道，大明恐怕是要彻底完了，刑天军攻下了南直隶之后，朝廷已经失去了最大的财政来源之地和粮食供应的基地，而朝廷可以控制的地域也仅剩下了北方京辅和山东这两省之地，政令已经无法有效的传递到其余的行省，更不可能再接受到其他行省的支持了，就更不用说是重振起来，将刑天军给灭掉了。
所以虽然崇祯哭晕过去，也无济于事，他们只能惶惶然留在京师之中，等待着天下倾覆的这一天的到来了。