在给神宗皇帝的上书中，苏轼又说：
微臣听闻坊间近来有传闻，陛下出台了一些纠偏过激的行政措施，追回派出实施变法的官吏，废除制置三司条例司的迹象，朝野间也都奔走相告、弹冠相庆。
但是，原来陛下在做的，不过只是委派地方监司机构到民间打探一下新法管理强行抑配的情况，看看老百姓还有没有承压的空间！比如那个“制置三司条例司”，是在朝廷体制之外另设一个部门，实际上该部门就是撇开原有那些反对变法的官僚，另外任用一批新人来推行变法而已！
在苏轼看来，这个新机构的执掌与中书、宰相重合，不但其本身就增加了冗员和冗费，而且使得“民实惊疑”“吏皆惶惑”。要“复人心而安国本”，就应该罢去“新法”的领导机构——制置三司条例司。如此，“人心安，兴利除害，无所不可”。
苏轼越说越气，简直要出离愤怒了。
他说，微臣还听说，陛下认为的新法最终退而求其次还总可以在西北三路地区试行，我苏轼就纳了闷了，泱泱大中华的西北三路人民难道就不是陛下的赤子百姓与臣民？难道就该做行医者试用毒药的试验品吗？
如今陛下推行的新法一连得罪了老百姓、军队、官吏以及士大夫等社会各阶层，我并非是危言耸听来吓唬陛下，我也没这个胆（这倒是一句瞎话）。青苗法、助役法实施后，农民们内心不安。均输法令颁布后，商贾们不能正常经商，老百姓也买不来东西因而生活不便。合并削减军队，驱逐伤残兵士，贬斥从军人员等举措，使军队中的军人开始对朝廷产生怨恨之情。青苗钱既然要散发，那么就不该再禁止或抑配，不然下级的官吏就会因收不到利钱而受到责罚。
以上这些，还有近来的不管是放任谬误强推新法，还是朝令夕改、粉饰过错都是微臣我寝食难安、扼腕叹息的根源啊！
说到这儿，我们结合神宗皇帝的变法背景与决心，作为现代的职场人士，我们大多人也不难理解苏轼在宋神宗心中的形象之变化了。
如果说《上神宗皇帝书》还是对事不对人，那么一个月之后的《再上皇帝书》就堪称直接的人身攻击了。其言辞之激烈简直让人瞠目结舌，几至无法相信是出自温文尔雅的苏轼手笔了。
他不但进一步将“新法”贬低得一无是处（“今日之政，小用则小败，大用则大败，若力行而不已，则随之”），而且其行文之间虽未指名，然而天下谁人不知句句不离王安石其人。其中最末一段，苏轼竟将王安石比作魏晋之际的奸臣贾充 ，要求神宗将其罢免（今天下贤者，亦将以此观陛下，为进退之决）。
实事求是地说，这就颇有些“要挟”的味道了。
以现代人的眼光来看，从熙宁二年（1069）开始，至元丰八年（1085）因宋神宗去世而结束的王安石变法（又称熙宁变法、熙丰变法），王安石是以发展生产，富国强兵，挽救宋朝政治危机为目的，以“理财”、“整军”为中心，涉及政治、经济、军事、社会、文化各个方面，是中国古代史上继商鞅变法之后又一次规模巨大的社会变革运动。
在教育制度改革方面，王安石仍以“三不足”——天命不足畏，人言不足恤，祖宗不足法的非凡勇气，亲自操刀撰写了《周礼义》、《书义》、《诗义》，即《三经新义》，为学校教育改革提供了新教材，也即为试策。
熙宁三年（1070）春，神宗皇帝起初想起用苏轼为新学改革的主考官。
王安石知道后，赶紧上奏神宗说，苏轼这个人学的都是旁门左道（所学乖异），决不能让他充当考试策论的考官。
神宗没法，只得让苏轼充任编排试卷官。
宋代贡院置这一官名，简称“编排官”、“管号官”。编排官一般选派翰林学士、六部员外郎等充任，主掌举人试卷字号之编排和合格举人名次之编排。殿试唱名时、在御座前依照名次将试卷对号拆封，转交中书侍郎。按现在的思维，也就是个排名次与唱票的助理角色。
但苏轼却并不能满足于这一角色，又再一次地像鲁迅先生那样，以他的作品为匕首、为投刀，直刺社会的黑暗与人性的丑陋。
所以，这一次仍对新法抱有抵触的他，再一次地闹出了个大动静。
苏轼先是以皇帝的口吻为殿试撰写了一篇《拟殿试策问》，大意是：我赵顼何德何能，不过是老天的垂怜，已赐给我这么多的忠良贤士，他们都已服务于朝廷。这些个大夫贤士都撇家舍业、背井离乡地来到朝廷里，根本不是为了挣工资，而是为了把从老师那里学到的知识，无私地奉献给国君社稷。
我赵某人改年号“熙宁”以来已经三载了，但是呢，还远远没有达到孔老二所说的那种安居乐业的治理标准。社会矛盾不少，民风还不够淳朴，自然灾害频仍，战争不能平息，小商小贩还不能够安心地做生意。
最后，再用一种激励的口气说到，诸位莘莘学子们，你们可要畅所欲言不要保留啊，为了我大宋社稷多多建言献策啊，你们的试卷朕可是会仔细阅览的哟！
按说，苏轼这也是在例行公事，本身并没有什么问题。殿试过后，成绩也都揭晓了，苏轼作为编排官去集英殿参加了应考士子考卷的编排工作。对于朝廷摈弃用于事无补的诗词歌赋而改用策论考试的方式，直接听取来自五湖四海甚至深山老林之士朴素率真的议论，用此种办法招贤纳士朝野上下也还都心悦诚服。
关键是，苏轼退朝后对当前的新法推行仍是如鲠在喉。
他认为不管是以前的诗词歌赋，还是后来的嘉佑年来的古文，再就是现在的策论，因为文章关乎着读书人的切身利益，所以一旦那种文风或是那种观点迎合了圣上的口味，得到圣上的认可，那么天下人就会不惜违心地去效仿之。
不行，还得上书神宗皇帝！
苏轼回到家，心潮澎湃，难以入眠。于是就披衣起坐，剔亮银灯，用在居蜀期间跟父亲大人苦学来的知识，笔头生花、旁征博引地又重新起草了进士答殿试策论一道。
文章中，苏轼首先引用《礼记》中的一段话来劝谏神宗皇帝，说陛下您要先自身清纯才能够接受五味，先本身洁白才能接受五彩。微臣希望陛下首先要清净自身使自己的内心清静无为，心静自然凉嘛，然后逆耳的忠言、利国的谋策，才能听到您的心里！
微臣害怕的是，如今某些歹人的歪理邪说业已充塞了陛下的心室，陛下已被朝野上下的正邪之争扰乱了自己的分辨能力，俗话说是“被黑馍馍占住嘴了”，到时候，即使有了治国良策（白馍馍），陛下也是听不进去的。
说到这，按现代市面上流行的社交学书籍的教程分析，被影射者——王安石先生，该不会是赞同，而是不出意外地要恼羞成怒了吧。
苏轼又说，都说“君主的圣明统御天下，百官各得其职，万事有伦有序”这句话，微臣认为陛下并不一定真正地明白其中的道理，所以把事情的主次给弄颠倒了（注意这里边的分寸）！百官各司其职，难道是圣上挨个去督促他们吗？万事运行有序，难道是圣上亲自规划的结果吗？叫我说，官员日常的办公有序，这叫“职”，办事有先有后，此为“序”。
如今，陛下您让新任的两府大臣侵夺了三司掌管财货的权力，让常平使者扰乱了路司、太守、县令的正常管理。刑狱方面，不是交给有关部门严格按法律程序去办理，而是取决于执政大臣的意志。边关战事的重大决策，不是“将在外，军令有所不受”，交给将帅们自己去决定，而是听从于身边小卒子“井底之蛙”的意见。在这种情况下，百官可以说是完全丧失了自己的职守了！
陛下要想实行王道，首先应该讲求的是道德道义，最后迫不得已才去动用刑罚。还有就是凡事要先讲仁义，最后再去谈利益。然而陛下却把这些东西的顺序都给弄反了！这样做的后果是万事万物的运转都失去了正常的的秩序。比如说，宰相的职位自古以来都是在论道中经营邦国的，如今陛下您让中书省只能机械地执行条例司的文书，而把中书省的职权彻底地给剥夺了！
如今朝廷的危害，在于时机还未成熟就强推新法，人心怎能信服，成就事业要循序渐进的嘛。如今治理政事的人都已不讲究情理了，而是靠着君主的权势和赏罚的威严，威逼着人们去做事。
苏轼甚至还举例说：按照常识，用斧子强行地去劈木材，一定是会劈开的。但是，若你不按照木材的纹理去强劈，说不定斧子还会被劈卷刃的（有点威胁的意味）。
如今陛下强令农民向官府借贷青苗钱，与商人争夺利益，天下人都认为朝廷是在牟利，而陛下却认为此是义举。而近来推行的助役、均输等政策，加之军队中严惩逃兵的政策，骤然轻率地执行，都是非常危险的。
至于苏轼与宋神宗的关系，那也是极为微妙的：
在文学上，宋神宗对苏轼的才华一直是非常欣赏的。
据《庚溪诗话》记载，宋神宗曾问大臣自古以来谁的才华可以与苏轼相比，大臣回答是李白，但宋神宗认为李白的才华虽高，但学问不如苏轼，这表明宋神宗对苏轼的文学造诣给予了高度评价。
在政治上，苏东坡多次向宋神宗提出建议，尽管他的建议大多合理且出于公心，但由于宋神宗执政经验不足，且对变法的强烈愿望使得他对苏轼的建议由好感转为厌恶。苏轼的直言不讳和多次上书反对变法，使得宋神宗对他的印象逐渐恶化。
因为宋神宗上台接手的江山，朝廷内外的危机已达到顶峰状态，冗兵、冗官，冗费情况日益加深，国家财政陷入特别困难时期。外有强敌压境，只能通过岁币的方式贿赂对方，内部又有一波接一波的起义，更加加深了宋神宗的恐惧。
所以，他对富国强兵有着强烈且真切的愿望。亲政之后，马上就任命王安石为相，开始筹备变法运动。
苏轼的一生经历了宋仁宗、英宗、神宗、哲宗、徽宗五朝，其中对他影响最深的是宋神宗，“乌台诗案”几乎推毁了苏轼积极入世的思想，而造成这样的结局，与宋神宗对苏轼的印象有很大的关系。
但宋神宗终究还是年轻，执政经验不足，好几次都下诏鼓励别人提意见，这本来就是做做样子，就和当今企业里面，搞个“总经理信箱”挂在墙上，说是欢迎大家多提意见，但真的能去提么？
然而苏轼就不客气了，他不仅提了意见，还受到宋神宗的表扬。
熙宁二年（1069）五月，苏轼对王安石建议神宗改变科举、兴学校、罢诗赋、明经诸科的做法说了自己的看法。
宋神宗看到奏折之后，很是高兴，于是就面召苏轼论当时政令的得失。
苏轼也直接指出宋神宗“求治太速，听言太广，进人太锐”的缺点，宋神宗听后有点惊讶，因为苏轼是第一个这么直白跟他说，但是宋神宗还是表扬了苏轼，“卿三言，朕当熟思之。”
这也是苏轼与宋神宗的第一次见面，也是唯一一次见面。
这次见面对苏轼影响很大，宋神宗给他的印象就是一位识士之君，惜才之主，是可以让自己实现“志群尧舜”抱负的一位皇帝。然而，在政治觉悟上粗线条的苏轼并没有觉察到皇帝的微妙情绪变化。
果然在第二次进言时，宋神宗对苏轼由好感，转为有些厌恶了。
我们知道，虽然苏轼说得有道理，上书的初衷也是好的，但就是令倾心于新法的宋神宗扫兴与尴尬，苏东坡在宋神宗心目中的地位动摇了。