侦查小队带回情报后，联盟舰队内弥漫着紧张而又激昂的气氛。杰克和各个种族的代表们在指挥舱内不断商讨战略细节，每一个决策都关乎着宇宙的命运。
在机械族的母星上，巨大的工厂开足马力，制造着各种武器和防御装备。机械族的工程师们精心调试着每一个零件，确保它们能在即将到来的终极之战中发挥最大的效能。源源不断的物资被运往联盟舰队，其中包括巨大的能量护盾发生器，这种发生器能够释放出强大的能量护盾，可以抵御新秩序势力的强力攻击。
灵能族则在自己的星球上开启了一场大规模的精神力量强化仪式。灵能者们围坐在巨大的灵能水晶周围，水晶散发着幽蓝的光芒，光芒笼罩着每一个灵能者。他们通过这种方式来提升自己的精神力量，以便在战斗中更好地发挥精神干扰和情报收集的能力。年轻的灵能族代表在仪式中感受到了前所未有的力量，他知道，这股力量将是对抗新秩序势力的重要武器。
生物科技种族在一艘专门的生物实验室舰船上忙碌着。科学家们正在研发一种新型的生物能量炸弹，这种炸弹一旦引爆，将会释放出一种特殊的生物能量波，能够破坏新秩序势力战舰的能量系统。同时，他们也在培育一种具有强大治愈能力的生物，这种生物可以在战场上快速修复伤员的伤势，提高联盟战士的生存几率。
然而，在联盟积极备战的同时，新秩序势力也没有闲着。他们在那座神秘的要塞内部，进行着更加邪恶的计划。新秩序势力的首领是一个全身笼罩在黑袍中的神秘人物，他站在一个巨大的基因改造容器前，容器内充满了绿色的黏液，黏液中隐隐约约有一个巨大的生物轮廓。
“我们的超级生物即将诞生，一旦它成熟，这些妄图反抗我们的联盟将不堪一击。”首领的声音低沉而冰冷。
这个超级生物是新秩序势力通过基因改造和黑暗能量注入创造出来的。它具有超强的力量、巨大的体型，并且能够在时空中自由穿梭。新秩序势力的科学家们还在它的身上安装了各种武器系统，使它成为一个真正的战争机器。
在联盟舰队这边，杰克察觉到了一丝不安。他总感觉新秩序势力还有什么秘密武器没有暴露出来。于是，他决定派出一支秘密小队，深入敌后进行最后的侦查。
这支秘密小队由杰克亲自带领，成员包括机械族最精锐的特工机器人、灵能族的精神隐匿大师和生物科技种族的基因追踪专家。他们乘坐一艘经过特殊改装的隐形飞船，悄悄地向新秩序势力的要塞靠近。
当他们接近要塞时，发现要塞周围的防御比之前更加严密。不仅能量护盾的强度增加了，而且巡逻的战舰数量也增多了。杰克他们小心翼翼地避开巡逻队，寻找着进入要塞的机会。
终于，他们发现了一个防御较为薄弱的通风管道。特工机器人利用自己灵活的机械肢体，打开了通风管道的入口。他们顺着通风管道潜入要塞内部。
要塞内部弥漫着一股刺鼻的气味，到处都是忙碌的新秩序势力士兵和科学家。杰克他们小心翼翼地前行，避免被发现。
在一个巨大的实验室里，他们发现了新秩序势力的秘密计划。除了那个超级生物，新秩序势力还在研究一种能够控制整个联盟舰队武器系统的病毒。一旦这种病毒被注入联盟舰队的网络，所有的武器都将失去控制，联盟舰队将在瞬间陷入绝境。
杰克他们意识到事情的严重性，必须尽快将这个消息带回联盟舰队。然而，在他们返回的途中，被新秩序势力的士兵发现了。一场激烈的追逐战就此展开。
特工机器人在前面开路，利用自己的武器系统击退一波又一波的敌人。灵能族的精神隐匿大师则释放出精神迷雾，干扰敌人的视线。生物科技种族的基因追踪专家在寻找着敌人防御的漏洞，以便带领大家成功突围。
在激烈的战斗中，杰克他们多次陷入险境，但凭借着各个种族的特殊能力和紧密配合，他们逐渐接近飞船的停靠点。
就在他们即将登上飞船的时候，新秩序势力的首领亲自出现了。他释放出一股强大的黑暗能量，向杰克他们席卷而来。杰克他们奋力抵抗，特工机器人将自己的能量护盾开到最大，灵能族的精神隐匿大师用精神力量筑起一道防线，生物科技种族的基因追踪专家则释放出一种基因干扰波，试图削弱首领的力量。
经过一场惊心动魄的对决，杰克他们终于成功登上飞船，逃离了要塞。他们带着新秩序势力的两个重大阴谋情报，全速返回联盟舰队。
联盟舰队得知这个消息后，立刻针对新秩序势力的病毒计划和超级生物进行防御部署。科学家们开始研发抗病毒程序，各个种族的战士们也针对超级生物的特点进行战斗训练。
决战的时刻即将来临，宇宙仿佛都屏住了呼吸。联盟舰队在浩瀚的宇宙中严阵以待，每一个战士都充满了斗志。他们知道，这是一场决定宇宙命运的终极之战，他们的传奇故事将在这场战斗中达到高潮，激励着无数生命为和平与正义而战。