然其时发踪指示，出奇无穷，多出于督臣朱燮元之方略。论者以固守成都，荡灭群妖，招降安位，为朱燮元功不世出。而不知善后抚绥，分裂其地，使南人不复反者，皆朱燮元之长算也。善乎朱燮元之疏曰：“今分水西之壤，授诸渠长，及有功汉臣，咸俾世守。盖地大者跋扈之资，而势弱者保世之策也。”
朱燮元事后论功时颇右黔将，屡奏于朝，为四川巡按御史马如蛟所劾。朱燮元力求罢，帝慰留之。其冬讨平定番、镇宁叛苗，乃通威清等上六卫及平越、清平、偏桥、镇远四卫道路，凡一千六百余里，缮亭障，置游徼。贵阳东北有洪边十二马头，故宣慰宋嗣殷地也。宋嗣殷以助安邦彦被剿灭，乃即其地置开州，又奏复故施秉县，招流民实之。
当时人评曰：“虽汉之楼船十道，其盛不能及也。昔主父偃令宗室得分王子弟，而藩服益削，则知众建土司而少其力者，其真驭远之良规欤！”
主父偃乃是汉武帝时人，他劝说汉武帝曰：“古者诸侯不过百里，强弱之形易制。今诸侯或连城数十，地方千里，缓则骄奢易为淫乱，急则阻其强而合从以逆京师。今以法割削之，则逆节萌起，前日晁错是也。今诸侯子弟或十数，而适嗣代立，余虽骨肉，无尺寸地封，则仁孝之道不宣。愿陛下令诸侯得推恩分子弟，以地侯之。彼人人喜得所愿，上以德施，实分其国，不削而稍弱矣。”汉武帝从之。
朱燮元遣兵诛摆金、两江、巴香、狼坝、火烘五洞叛苗，悉平之，水西势益孤；滇中沐氏土舍普名声乱，朱燮元奉命移兵讨平之，名声伏诛。水西安位死，无嗣，族属争立，朝议欲乘其弊郡县之。朱燮元上书谏，乃止。朱燮元遂传檄土目，谕以威德。诸部争纳土，献重器。朱燮元召将吏议，以为众建土司，使其势少力分，则易制。各欲保土地，传子孙，则不敢为逆。
朱燮元上奏曰：“臣按西南之境，皆荒服也。杨氏反播，奢氏反蔺，安氏反水西。而滇之定番，弹丸小州，为长官司者十有七，二三百年未闻有反者，非他司好逆而定番忠顺也。盖地大者跋扈之资，而势弱者保世之策也。今臣分水西之壤，授诸渠长及有功汉人，咸俾世守。凡其俗虐政苛敛，一切除之，使参用汉法，可为长久计。”制曰：“可。”西南遂底定焉。
朝臣时捐俸助饷，上谕曰：“诸臣果真心为国，兴利剔弊，朝廷自受其益；何必捐俸言助！其悉已之”。吏部奏言：“皇上命汰冗员，臣以为莫先於清廕。两京三品以上及疆埸大吏例廕其子，念其祖父劳勩也；乃父兄罪削，子弟恩廕如故。夫廕以酬劳臣，非恤罪臣也。宜命验封司清核，以杜侥幸”。崇祯皇帝是之。
户科右给事中黄承昊言：“祖宗朝边饷止四十九万，神祖时至二百八十五万，先帝时至三百五十三万。迩来又加六十八万，今出数共五百余万，岁入不过三百万；即登其数，已为不足。况外有节欠，实计岁入仅二百万耳；戍卒安能无脱巾，司农安得不仰屋乎！乞敕各边督、抚，清核历年增饷。至京支杂项，敕各衙门各自严汰。又先臣叶淇变盐法、改折色，以至边粟涌贵；必复祖制开中输边之法。西北多旷土，责有司开荒，以足军饷”。崇祯皇帝纳之，次日，召廷臣於平台，以御史吴玉疏钱粮积弊宣示阁臣。
崇祯皇帝又问吴玉“何以不指名具闻”？吴玉对曰：“此弊非独一人一事，无可指名”。崇祯皇帝曰：“然”。又出户部右给事中黄承昊疏，崇祯皇帝读至：“京支杂项钱粮”一段，问户部侍郎王家桢“何滥增至此”？王家桢曰：“皇祖出数少、入数多，故太仓积余七百万，内帑尚未算。后边臣随请随给，出入不相准”。
崇祯皇帝又读至：“盐法，阁臣请复祖制，开屯种引”，点头然之。又出宣府巡抚李养冲疏，云：“旗尉往来如织，踪迹难凭。不赂之，恐毁言日至；欲赂之，愁物力难胜”；颇为不解。王在晋曰：“大同燹掠，宜以按臣勘报，不烦旗尉”。崇祯皇帝曰：“疆事伏一喇嘛僧讲款，不将轻我中国哉”？刘鸿训曰：“讲款，权也”。王在晋曰：“辽衅十年，东援之兵亡者不归、归者不伍；今边饷匮缺，或至三年”。崇祯皇帝以问王家桢；对曰：“延绥缺甚”。
户科给事中韩一良上言：“皇上平台召对，有“文官不爱钱”之语；然今何处非用钱之地，何官非爱钱之人。皇上亦知文官不得不爱钱乎？向以钱进，今安得不以钱偿！内外陞选，俱以贿成，而吏部之始进可知也；科道亦以此得之、馆选亦以此得之，而新进之末路可知也。今言蠹民者，动归咎於守令不廉；不知州县亦安得廉！俸薪几何？上司督取，不曰“无碍官银”，则曰“未完抵赎”；要路过客，动有书仪；一遇考满朝觐，辇金满车，犹忧谴责：此金非天降、非地出，而欲守令之廉得乎？今日之势，欲求人之独为君子，己必不能惟大为创；逮其赃甚者，使天下之臣视钱为污、惧钱为祸，庶几“不受钱”之风可睹矣”。
次日，崇祯皇帝召廷臣於平台，命韩一良诵前奏，嘉奖之；遂超擢韩一良为右佥都御史。诸臣唯唯而退。
先是，有主事徐大化者，魏忠贤党也，劾方震孺曰“攘差”。都御史邹元标奋笔曰：“方御史保全山海关，无过且有社稷功。”给事中郭兴治遂借道学以逐邹元标。邹元标去，方震孺亦即罢归。
明年，魏忠贤、魏广微兴大狱，再募劾方御史者，郭兴治再论方震孺河西赃私。逮问掠治，坐赃六千有奇，拟绞。而扬州守刘铎咒诅之狱又起，遂诬方震孺与交通，坐大辟，系狱。