属下官员看到这种情况，“面面相觑”，对于于谦的才智、精力，没有一人不感到惊骇、佩服的；于谦号令严明，即便是勋臣、宿将，如果有不按章办事的情况，于谦会立即向景泰帝请旨指责；只要是于谦的手书，那怕就是在离京城万里之遥，没有人不警惕、佩服的。
英宗皇帝的回归，本是于谦之功，然而他从来不在别人面前提起自己的功劳；东宫太子设立后，景泰帝命兼职宫僚者支取二俸碌，诸臣皆接受，只有于谦推辞；于谦在朝堂中有很大的权利，然而他本人却崇尚节俭，所居之处简陋到仅仅只能遮蔽风雨而已。
景泰帝看到于谦生活条件如此艰苦，心里非洲过意不去，于是在西华门赐了一座装饰得”富丽堂皇“的府第给于谦，于谦辞曰：“国家正值多难之季，臣子何敢自安。“于谦将景泰帝前后所赐玉带、金、帛、器皿、图书、盔甲、蟒龙服饰，全部封起来，一年只是拿出来看一道而已，从来不在外人面前炫耀。
景泰帝对于谦的所论奏无有不从者；景泰帝曾经遣使往真定、河间采野菜，直沽制干鱼，于谦阻止了他一次后，景泰帝便停止这些行动；景泰帝每用一人，必先秘密问于谦的意见；于谦亦具实以对，无所隐瞒，不避嫌疑、仇怨，诸多不称职者皆怨恨他，而朝堂中功劳不如于谦的人，亦往往嫉妒他的才华。
于谦性情刚直，遇有不如意之事，动不动拍胸叹曰：“此一腔热血，意洒何地！“于公谢绝交通，不立党援，一以忠诚，上结主知，分谤任怨。但知有国，不知有身有家，平居未尝言及于私；惟事有关休戚，虽违众行之无所惮。不贷赃吏，不问小过，急于荐贤，惟恐没人之善。凡公所甄拔，后皆一一知名，如巡抚时荐孙原贞、王来以自代，后二人皆官至尚书，令名彰彰，于谦知人之明大率类此。
敌寇刚刚退去，都御史罗通即上书弹劾于谦上的功劳簿不实，御史顾躭、户部尚书金濂亦上疏，言于谦太专横，六部大事应同内阁一起商议，于谦据祖制予以驳斥，诸御史屡次上长篇大论弹劾于谦，景泰帝不顾朝臣们的非议，仍然重用于谦。
于谦自“土木堡之变”发生后，誓不与贼寇同生。他长期在办公府衙留宿，不回自己的府弟，因为“积劳成疾”，于谦终于病倒了；景泰帝于是遣太监兴安、舒良前往探望，听说于谦穿的衣服过于单薄，于是诏令为于谦制作衣服，又为他改善伙食；听御医说于谦的病需要竹沥（竹子放在火上烤以后所流出的液汁）来做药引子。由于北方地区的竹林分布少，竹沥不容易取得，景泰帝于是亲临万岁山，亲自为于谦伐竹取沥。有人在景泰帝面前进言，说对于于谦的宠信太过分了，兴安等曰：“彼日夜分国忧，不问家产，即彼去，令朝廷何处更得此人？“
英宗皇帝的回归，本是于谦之功，然而他对于谦始终不主和议，心里也颇为不满；徐珵因为在“土木堡之变”后议南迁，为于谦所斥。后来改名有贞，对于谦“切齿痛恨”；石亨本是渭南人，袭父职为宽河卫指挥佥事，善骑射。正统间，累官至都督同知，充参将佐朱冕守大同。也先犯境，守军覆没，石亨单骑奔京中报败绩，求救兵，收监入狱，待决秋日于谦知其冤，力保出狱为校尉，募兵勇，封都督，石亨心中敬畏于谦，因为于谦的存在，使石亨不能“为所欲为”，亦是表面尊敬于谦而已。
当年，京师保卫战时，德胜门大捷，石亨功劳没有超过于谦而得到世袭爵位，心中惭愧，于是石亨上疏推荐于谦儿子于冕。景泰帝下诏让赴于冕京师，于谦一再推辞，不肯接受世袭爵位曰：“臣果欲代子求官，自当乞恩于君父，何必假手于石亨？”，又言道：“国家多事，臣子义不得顾私恩。且亨位大将，不闻举一幽隐，拔一行伍微贱，以裨军国，而独荐臣子，于公议得乎？我本书生不知兵，惟圣主忧勤，吾分当死，遂不揣调度军马，区区犬马之劳，决不敢以子滥功。“
石亨听了以后感觉很羞愧，于谦总督军务渐久，凡各营号令、进退、赏罚皆由于谦而出，平日议论断制，宿将敛伏，石亨等不敢置一辞，石亨素贪，多坏军政，于谦恐误大事，悉裁之以法，日久遂成嫌隙；石亨侄儿石彪作战颇为骁勇，当时有人嫌其与石亨本是一门，又手握京城兵权，于谦于是奏以石彪充游击将军，往大同等处截杀贼寇，本是出于善意，石亨反怀恨于谦，思取而代之。都督张軏因为在征讨苗人的战争中失利，为于谦所弹劾，心中也深恨于谦，石亨、徐有贞、张軏与内侍曹吉祥等皆想憾动于谦。
景泰皇帝曾经立过朱见济作皇太子，可惜后来他却不幸亡故了；不过景泰皇帝本身还很年轻，皇太子虽然死了，景泰皇帝暂时还没有考虑到立储的问题，所谓“天有不测风云”，景泰八年正月十二日，景泰皇帝在举行仪式时，忽然呕血不能成礼而还。出居外殿，惟太医董速与宦者二十馀人侍，日则进药，夜则处榻前。群臣前往探望时，太监兴安道：“公等皆朝廷股肱，不能为社稷计，徒日日问安，有何益处？”
这时立储的问题又迫切起来，当时以于谦为首的一批大臣主张立朱见深为太子，让皇位仍由宣宗皇帝一系的子孙来继承；而重病中的景泰皇帝却”一反常态“的没有听于谦的意见，是什么原因让原来合作无间，携手渡过了大明立国以来的最大一次危机的这对君臣，出现了如此大的分歧呢？
这一切还要从当年英宗皇帝“北狩“说起，当时皇长子朱见深尚在襁褓之中，一个没有被立为皇太子的婴儿，没有任何号召能力；面对也先气势如虹的大军，明朝的朝堂一片“愁云惨雾”，西晋、北宋亡国时的惨祸，似乎马上就要降临。