毛利小五郎受邀朋友的邀请带着毛利兰，柯南和苍天蓝羽来参加婚礼。毛利小五郎坐在座椅上剃胡子，坐在对面的毛利兰说道“根本就没有人会在朋友举行婚礼的当天在新干线上刮胡子。”
“这还不都是因为工作的关系嘛，昨天晚上我跟客户讨论事情讨论到太晚了，所以才会早上起不来的嘛。”
“说得那么好听，明明就是喝醉了就在玄关睡着了。”
“你不要忘了是你说你想来所以我才带你来的耶。”
“因为结婚典礼是在京都举行的啊。柯南，你也很想去对不对？”
吃着盒饭的柯南回答“啊？嗯。”
“那为什么连这家伙都要一块带出来，让你把柯南交给小羽毛照顾，结果你还把小羽毛给带过来了。”
“总不能让他们两个无聊吧。”
“那小羽毛你呢？”
“我？反正今天学校放假，小兰姐告诉我你们要去京都所以我也跟着来了。”事实是这样的吗？其实不是，真实的情况是今天苍天蓝羽在家里睡大觉，结果毛利兰一进他房间就把他从床上拎了起来，还问他要不要一起去。刚想回答毛利兰就自作主张的说，我就知道你肯定也是想去京都。
苍天蓝羽刚想解释结果毛利兰就一脸核善的表情看着他，吓得他把刚想出来的推辞给硬生生的憋回去了，迫于毛利兰的淫威下，苍天蓝羽被迫同意。
毛利兰看着柯南脚上的鞋子说道“我突然发现到你那双鞋子是新的哦。”
“嗯，是阿笠博士送我的。”
事实上这双鞋子是阿笠博士制造出来的道具，这双鞋子会用电气和磁力来刺激脚的穴位，从而把力道增强到最大限度，而柯南戴的眼镜也是配备了小型窃听器。
突然，步美，光彦和元太出现在新干线上，在柯南四人旁的座椅上玩起来。
毛利小五郎看着旁边玩的三人“可是，为什么连这些家伙也要一块去啊！”
毛利兰解释“有什么关系嘛？跟他们父母拿了车票钱的。”
“真是的，最近的父母是怎么搞得嘛？”
步美跑到柯南和苍天蓝羽二人中间“柯南同学，阿羽哥，我们一起去冒险吧。”
“好像很有趣耶。”说完三人就跑了。
毛利小五郎吐槽“这些家伙的父母真有问题，不过他们的父母也真的奇怪耶，连一通电话都没打过。”柯南心想遭了
放下盒饭离开座椅“我，我去一下厕所。”
苍天蓝羽看着急急忙忙跑开的柯南，他明白柯南不想寄住在毛利家，要不是因为那三个黑衣人给他灌药让他身体缩小，就不会变成现在的情况。跑到车厢门后有两个黑衣男子从他面前出现，看着熟悉的模样柯南被吓了一跳。
“是那些家伙。”
柯南看着那两个黑衣人说道“机会来了，终于可以把药夺回来了，等我变回了高中生侦探工藤新一，我一定要把你们做出来的事都给抖出来。”
看着那两名黑衣人离开座位，柯南离开座位跟了过去，看见黑衣人坐在餐车的座椅上，柯南取出眼镜上的窃听器，把窃听器包裹在口香糖里后贴在了之前黑衣人做的座位上。
结果这个动作被毛利兰发现“你在干什么啊！柯南。”
“赶紧把他拿下来。”
“没，没什么。”
“真的吗？”步美趴下撕下来粘在座椅下的口香糖“柯南你真是个喜欢恶作剧的孩子耶。”
“就因为有像你这样的讨厌小鬼，那些大人才会讨厌我们的啊。”
“口香糖呢一定要用纸抱起来放到烟灰缸里。”
随后步美把装有窃听器的口香糖放到烟灰缸里，柯南心想那个地方更能听的清楚点。
毛利兰说道“你要好好学习哦，柯南。大家都好棒哦。”
“那是当然的啰。”三人来着柯南跑开。
看见这一幕的苍天蓝羽心想柯南为什么把窃听器给拿出来了？
在另一节车厢里，步美看着柯南说道“因为是柯南做的事，所以一定不是什么单纯的恶作剧对不对？”
“那个口香糖是不是什么秘密武器啊？”
“那两个人是间谍还是杀手啊？”
“因为我觉得很有趣啊，所以我就恶作剧了嘛。”
“真的吗？”光彦看着柯南。
“嗯。”
“什么嘛。”
“哎呀，无聊的家伙。”三人离开。
柯南无奈的吐槽“不好意思，我怎么可能会那么无聊，我又不是小羽毛，小羽毛一旦开始无聊是什么事情都能干出来，拆家都干得出来。”
“走开小鬼。”柯南闻声看着身后的黑衣人，他发现那两人的样子根本就不是他当初在游乐场遇到的黑衣人。
连忙让开路，这是柯南发现他们手上的手提包换成了旅行用的手提箱。
坐在座椅上，柯南调了调波段后开始用窃听器窃听那两个黑衣人的对话。
“终于可以抽烟了啊！”
“好像有什么东西哦。”柯南被吓了一跳，心想被藏在烟灰缸的窃听器被发现了。
“原来是口香糖啊。”听的这句话柯南送了一口气。
“唉呀，真是个轻松的交易啊，大哥。”
“小声一点。”
“没关系的啦，不会有人听到的。”
“对了，只是把那个箱子交给他就可以拿到一亿元，里面到底放了什么东西啊？”
“那是关于黄金的情报，他知道了情报之后，赚到的何止是一亿。”
“他现在大概是回到自己的座位上暗自高兴着，从窗户俯视最后的风景了。”
“最后的风景？”
“交给那个家伙的黑色皮箱里，我还放进了只要碰到强烈的震动，十秒钟之后就会爆炸的高性能炸弹。”
“炸弹！”柯南被吓了一跳。
“那么，那家伙如果把箱子掉在地上。”
“那个箱子对那个家伙而言是很重要的情报，所以不可能犯那种错误。”
“而且，爆炸事件已经设定在三点十分了。”
“是定时炸弹吗？”
“不是，到了那个时间那家伙会毫不知情的自己去按那个使炸弹爆炸的按钮了。”
“然后十秒钟后这列新干线也将会被炸上天。”
新干线到名古屋站后那两个黑衣人离开列车，柯南看见两人下车后追了过去，在追上黑衣人前被苍天蓝羽拉住“你在干什么？”
“小羽毛。”
“你这表情是怎么回事？算了，先跟我走。”
在厕所里柯南把之前用窃听器窃听到的内容告诉了苍天蓝羽“什么！有人要把新干线给炸上天！”
“没错。”
“这件事绝对不能被列车上的人知道，否则会引起恐慌的。”
“如果照你这么说，跟那俩黑衣人交易的交易还在列车上。”
“我们还有多少时间？”
柯南看了看手表“四十分钟。”
“我们必须得找到他，咱们走！”
“几百个人怎么找？”
“哪怕是几千几万人我们也要找出来！要不然几百条人命也会被炸上天。”
走出厕所后二人碰到了步美，光彦进元太三人“柯南，阿羽哥，发是什么有趣的事情了吗？”
“有事情的话要告诉我们哦。”
二人无奈的吐槽“看来只有他们能帮上忙了。”
黑色的手提箱在新干线上到处都是，全部检查一遍肯定是不可能的，在寻找炸弹的同时，柯南也开始回忆起那两个黑衣人的对话，希望能从对话得到线索
柯南问光彦“从窗户可以俯视到风景的是？”
“这个啊，就是二楼的头等车厢。”
苍天蓝羽说道“没记错的话头等车厢有三列，其中的禁烟车厢在哪里？”
“我想想，应该是七号车厢的二楼。”
“怎么了，发生什么事了？”
“我们不能说出来。”
“那怎么行，少年侦探团，出发！”
苍天蓝羽和柯南已经少年侦探团一行人很快来到了七号车厢的二楼，很快发现四个人，苍天蓝羽蹲下身“柯南，靠你了。”
“嗯。”柯南开始搜寻车厢里的目标，在排查前三个目标后来到第四个目标，柯南设计拿到箱子，结果出现了意外，看着被打开的箱子，苍天蓝羽和柯南二人以为箱子里面装的是炸弹，结果是满满一箱子的内裤，所以，众人又被一脚踢了出去。
苍天蓝羽捂住额头“我真的是倒霉到家了。”
众人也只能返回车厢，在路上柯南看了看时间发现还有十四分钟。
苍天蓝羽带着众人回到了毛利兰和毛利小五郎所在的车厢，一回来毛利兰就问“小羽毛，你带着孩子们跑到哪里去了？还有，你怎么了？”
“别提了，反正我总感觉我已经倒霉到家了。”无奈的坐回座位上。
柯南坐在椅子上思考时突然听到少年侦探团的对话“耶，海洋已经过去了。”
“对，就在你转头的时候。”
“可是，这边的座位是靠山的，不管怎么样都是看不到的。”
这些话点醒了柯南，他想起了之前排查的那位女性，那个座位确实是靠海，但是要眺望富士山那里是不可能的。那么，她是从哪里看到富士山的？
柯南想到她是从餐车看到，那些黑衣人所坐的位置是靠山的，如果那个女士把在那里看到的景色误认为是在自己的座位上所看到的话。
“因为我根本就没去过餐车啊。”
如果那是她为了隐瞒交易这件事情，突然编出的谎言，那炸弹，就在她的箱子里。
于是连忙叫上苍天蓝羽，在路上也顺便把他的推理说了出来“如果真的是这样我们必须得赶快。”
在找到那位女性后苍天蓝羽连忙冲上前夺过手提箱“抱歉。”然后拿着手提箱往列车尾部奔跑，而柯南把原因告诉了那位女士。
“炸弹！”
“没错，现在请你不要打电话。”连忙追上苍天蓝羽。
此时的苍天蓝羽手上拿着炸弹在车厢里狂奔“闪开！快给我闪开！”最后抵达新干线尾部，把炸弹从窗户扔了出去，在炸弹爆炸之前，一个飞扑扑向柯南，二人趴在地上，而苍天蓝羽用他自己的身体保护柯南。
十秒钟后炸弹在车外爆炸，劫后余生的二人坐在地上大口的喘着粗气，苍天蓝羽说道“早知道会发生这种事，我宁愿被小兰姐打一顿，也不愿意经历这个。”
“至少我们成功了，我们成功解救了新干线上的几百条人命。”
“说的对，走吧，说不定小兰姐正在新干线上到处找我们。”
在那之后，新干线停了下来，目幕警官他们开始展开搜查。虽然结婚典礼迟到是一件很严重的事情，但是，至少没有任何人受伤。
根据那位女士自己所说，她是以一亿元向那两个人购买有关黄金售价的情报，但是如何打卡那个放情报的箱子，他们要在指定的电话中告诉她。
可是，那两个人一开始就已经决定只要钱到手她就消失。
最后，那两个坏蛋也终于被逮捕归案。