在一次激烈的战斗过后，木叶村虽然守住了，但损失惨重。鸣人深知不能只是被动防守，必须主动出击找出幕后黑手。他召集了伙伴们商议对策。鹿丸分析道：“这股黑暗势力每次来袭都像是有所预谋，肯定有内奸在通风报信。”鸣人皱起眉头，决心一定要揪出这个叛徒。
他们暗中调查村里的每一个角落，不放过任何蛛丝马迹。终于，在一个隐蔽的地下室里发现了一些可疑的通信卷轴。顺着这条线索追查下去，竟然发现是一个平时不起眼的村民。原来他被黑暗势力用家人性命相要挟。
鸣人并没有责怪他，反而承诺会救出他的家人。随后，鸣人带着伙伴们制定了营救计划。他们通过之前截获的通信卷轴反向传递假消息，误导黑暗势力以为他们的阴谋仍未暴露。
按照计划，鸣人带领小队悄悄潜入黑暗势力的据点。然而，刚一接近就触发了警报陷阱。一时间，各种攻击袭来。鸣人开启九尾模式，硬抗下大部分攻击，为队友争取时间。
小樱负责治疗伤员并寻找人质关押地点；佐助则凭借咒印力量和新得到的秘药加成，快速解决了一批又一批敌人。就在战斗进入白热化时，小樱发出信号找到了人质。
鸣人制造出大量影分身吸引火力，真身冲向人质所在之处。成功解救后，众人开始撤离。但黑暗势力首领现身，实力强劲。关键时刻，佐助使用新能力短暂压制住首领，鸣人趁机带着大家逃离。回到村子后，村民感激涕零，而木叶也因为这次行动士气大振，更加坚定了对抗黑暗势力的决心。鸣人带领着一支精英小队悄悄潜入黑暗势力的据点。利用仙术悄无声息地解决掉守卫，找到了被囚禁的人质。最后，鸣人站在黑暗势力首领面前，使出全力与他一战。经过一场惊心动魄的较量，鸣人以新领悟的仙术绝招击败了首领。黑暗势力群龙无首，就此瓦解。木叶村迎来了和平，鸣人也成为了大家心目中当之无愧的英雄。
木叶恢复平静后，佐助却并未完全放下心中之事。佐助独自外出历练，在森林中再次遇到药师兜。药师兜一脸神秘地说：“佐助君，虽木叶暂时安宁，但新的危机正在暗处滋生。”佐助握紧手中的剑，警惕地看着他。药师兜接着说：“曾经有一股古老而邪恶的力量被封印，如今有人试图解开它，我知晓你一直在追寻强大力量，或许我们可以合作。”佐助冷笑一声：“我不会再与大蛇丸有关之人合作。”说完便欲离开。但药师兜抛出一个消息：“这股力量与宇智波一族的过去有着千丝万缕的联系。”佐助脚步一顿，内心挣扎起来。一方面他不信任兜，另一方面他对家族的真相渴望已久。最终，佐助决定暂且跟着兜去探查一番，但他暗自下定决心，一旦发现兜有任何阴谋，定不会手下留情。就这样，佐助踏入了这片未知的危险之地。随着深入，周围弥漫着一股压抑的气息。佐助时刻保持警惕，药师兜则在前面带路，时不时露出诡异的笑容。
突然，四周涌出许多奇怪的生物，它们形如鬼魅，速度极快。佐助迅速拔剑抵挡，剑刃划过空气发出嘶嘶声。药师兜也加入战斗，不过佐助总感觉他有所保留。
在激战中，佐助发现这些生物似乎受某种阵法控制。他集中精力，运用写轮眼看清阵眼所在，一举破坏。那些生物瞬间消散。
这时，药师兜停下来说：“佐助君，前方就是那股力量所在之处，但要获取它必定付出代价。”佐助不予理会，径直向前。当他靠近目标时，一道光芒闪现，里面传来熟悉的声音。原来是宇智波鼬留下的一丝意识，警告佐助远离这股邪恶力量。佐助恍然大悟，明白这是陷阱。他转身怒视药师兜，准备与其决一死战。一段充满未知危险的旅程之中。佐助跟着兜在阴暗潮湿的密道里前行，周围弥漫着腐臭的气味。兜时不时回头看佐助，嘴角带着一抹不易察觉的笑。
行至一处巨大的石门之前，兜停了下来，双手结印，石门缓缓打开。里面透出一股浓烈的黑暗气息。佐助的写轮眼不自觉转动起来。
“这里面就藏着那股力量的秘密。”兜轻声说道。
佐助刚要踏入，突然感觉一阵强烈的幻术袭来。他冷哼一声，凭借写轮眼轻易破解。他愤怒地看向兜：“果然你没安好心。”
兜却大笑起来：“佐助君，这只是个测试，只有足够强大才能面对真正的秘密。”佐助半信半疑地继续前进。
在密室最深处，他们看到一幅巨大的壁画，上面刻满了宇智波一族古老的符文。佐助仔细研究起来，他感觉到这些符文背后隐藏着关于家族血仇的重大秘密。就在此时，四周涌出许多傀儡向他们攻击过来，佐助和兜不得不并肩作战，在战斗中佐助越发觉得此事迷雾重重。佐助挥动手中宝剑，将靠近的傀儡一一砍碎，眼神愈发冰冷。兜则灵活地穿梭于傀儡之间，时不时丢出几枚苦无。在两人默契配合下，傀儡渐渐减少。
“看来这些傀儡是守护这里的机关。”兜喘着气说道。
佐助没有回应，目光仍紧紧锁定在壁画上。他走近壁画，伸出手触摸着那些符文，突然符文闪烁光芒，一道影像浮现出来。影像中呈现出宇智波一族曾遭受背叛的场景，而背叛者背后似乎还有一股更强大的神秘力量在操控。
佐助双眼充血，怒吼道：“到底是谁？”
这时，兜突然露出狰狞的表情，扑向佐助。原来兜早已被那股邪恶力量控制心智。佐助早有防备，侧身避开，一脚踢飞兜。
“你以为能偷袭我？”佐助冷声道。
然而，那股邪恶力量不断涌入兜的身体，使他变得异常强大。佐助开启万花筒写轮眼，准备迎接这场艰难的战斗，他知道唯有战胜眼前的敌人，才能继续探寻家族的真相。