如果说鬼墨是被华夏王朝所遗弃的人，那龙巫宫就是被神抛弃的精灵。龙巫宫本来叫做灵巫宫，信奉太阳十子之首的东皇太一，神王帝俊与神后羲和的儿子（其实是养子，亲生父母是帝江和凡间女子孤月氏），东皇太一的信徒们在灵山聚集，以灵歌妙舞供奉她们的东皇神君并且建立了灵巫宫。有一个出身贫苦的女孩因为容貌清丽，舞姿曼妙且拥有与生俱来的神通被选中作为供奉东皇神君的巫女，她可拥有强大的灵力，不老的容颜和永恒的生命，她会被世人尊崇，被人膜拜，拥有锦衣玉食和尊贵的地位。她是灵巫宫最强大的巫女，她叫翼遥，她爱东皇神君，本来作为信奉东皇太一的信徒巫女把自己终生的爱慕献给神明无可厚非，然而，翼遥对东皇神君的，却是另外一种爱，是凡人之间的爱恋。这种情感被祭司长和巫女们认为是亵渎了神君，于是把翼遥幽禁了一年。
但翼遥没有理会众人对她的目光，始终坚持自己心中的爱恋，一年后，被释放的她搬到山顶上继续为东皇神君歌颂。虽然众人无法理解翼遥的行为，也不愿意提起这个人，因为，亵渎神明的人会给她们灵巫宫蒙羞，但不可置否，翼遥的灵力日益强大，远超过灵巫宫的其他巫女，因为，她的歌声并非茫然服从，而是真情实感。翼遥爱神明，也渴望得到神明的爱，某一天，翼遥的歌唱引来了一位客人，不过这位客人不是翼遥梦寐以求的东皇太一，而是一条名叫瞳渊的幼蛟，希望与强大的她缔结血契，得到翼遥的一魄，成为强大的蛟龙，虽然缔结契约并不会损坏翼遥的灵力和修为，但龙却要永远听命于主人，翼遥不想从此困住瞳渊，便拒绝了瞳渊的请求。终于，她的歌声传到了神界，惊动了东皇太一，东皇太一惊于竟有如此美妙的歌声可以撼动神界，于是和二弟炎煜一同下凡探个究竟。翼遥终于见到了日思夜想的东皇太一，并表达出自己内心对他的爱恋，但是东皇太一是神，是个永远不会爱上凡人的神，他认为眼前这个凡人在亵渎他的身份，他的二弟炎煜也险些要杀了翼遥，幸有瞳渊及时现身，请求翼遥与他缔结契约才保护了翼遥，瞳渊得到了强大的力量化成蛟龙，但瞳渊和翼遥却相互遗忘了，当东皇太一拂袖使山顶漫起一片火海，包围着翼遥，翼遥没有挣扎，只是缓缓闭上眼睛，火焰消失后，那里开出一大片血红色的曼珠沙华，一个穿着华服的巫蛊娃娃站在了花丛中。
之后，太阳十子被后羿射落，灵巫宫失去了东皇神君的庇佑，巫女的容貌也开始衰老，她们不再长生不老，青春常驻，巫女从此不再固定人员，而是一代又一代地传承下去。她们迁至九嶷之巅，把灵巫宫改名龙巫宫，信奉蛟龙瞳渊。瞳渊作为她们的守护龙，作为与主人订下契约的龙依旧庇护她们，但是巫女们认为，龙对她们的庇护是不长久的，也不会无条件去守护她们，因此，每一代的巫女都会选出灵力强大者，把自己的魂魄供奉给龙，然后陷入沉睡，醒后，她与龙的记忆都会不复存在。许多走投无路的苦命女孩都会投奔到龙巫宫，因此，龙巫宫也渐渐兴旺起来。
五百多年前，蚩尤之女昭华，被称为“驭龙者”和“巫皇女”的孩子诞生了。当年，轩辕黄帝与神农氏炎帝联手，屡次击败蚩尤军队，巫皇女昭华投奔龙巫宫，经过数年潜心修炼获了强大的灵力，成为最强巫女，与龙订下血契并且成为瞳渊新一代的主人和它唯一的驾驭者，腾龙驾雾攻打黄帝军队。由于对手是黄帝手下第一武将的应龙，巫皇女瞳渊不敌应龙，一路退到龙巫宫，巫女们也因此受到牵连，被黄帝军队当作乱党攻打之，她们试着求饶，但大刀还是无情地劈向了她们。巫女们怨恨巫皇女，怨恨她骗走了龙，认为她是蓄谋已久，当初投奔龙巫宫就是为了得到龙，怨恨她把这些无辜的信徒卷入战争，最后，巫皇女败亡，瞳渊也因为竭力保护龙巫宫而阵亡。之后，有一个衣着华丽，和巫皇女所随身携带的巫蛊娃娃长得一模一样的女孩，带着降状在黄帝军队前跪下，请求黄帝军放过这些巫女，用自己的尊严换取龙巫宫的百世平安，黄帝也应允放过这些无辜的人们，并且撤出九嶷山，但也命令龙巫宫众女巫从此不得踏出九嶷山半步，龙巫宫从此被掩盖在了神秘飘渺的九嶷山中。直到五百年后，成王仲康与九黎最高军队统帅定远一行人前往九嶷山，请求龙巫宫重出江湖，与大荒义士一起抵抗妖魔却在万仞天梯前遇到弑神之神东皇太一的阻挠。为了保护成王仲康，定远将军不惜以自己的血肉之躯抵挡东皇太一的一记猛烈的攻击，最终在万仞天梯上光荣殉国，被龙巫宫弟子和将士们葬在九嶷山中，定远将军殉国的消息很快传遍了大荒，华夏王朝举国痛哭，为这位伟大的英勇将士扼腕叹息，龙巫宫也为之动容，终于向王朝，向大荒出手相助。
如今，龙巫宫不再与世隔绝，不论是男是女，都可以加入龙巫宫。不过，想要得到龙巫宫的强大力量的人都要爬上那条望不到终点的万仞天梯，然后纵身一跃，以证明自己的决心和诚意，最后，巫女会问他们是否愿意与自己缔结契约，倘若愿意，就会把这山间的蜃气凝结成龙血，和自己的一魄一起赋予这个人，然后巫女和这个被赋予者都会陷入沉睡，醒来后会忘记以往所有的事情，男弟子获得龙巫宫的力量之后可以化身成龙神，女弟子会得到强大的灵力，与龙神并肩作战。现在的龙巫宫宫主偃，就是五百年前带着降状向黄帝军队投降的巫蛊娃娃，她面容空茫且沉默少言，她的容颜百年不改，拥有强大的预言能力，用自己的方式，守护着整个龙巫宫。