贼军的小舢板和小渔船靠近上来，同明军的小舢板混战在一起。双方先是远远的以弓箭对射，但贼寇损失惨重，明军水师却几乎没有遭到什么损失。明军水师身上披着以木片或竹片覆盖在丝绸上制成的铠甲，这些甲若是在陆战中防护能力不佳，可是在水战中，这些铠甲却能很好的给水师官兵提供保护，而且穿着竹片和木片制成的铠甲，水师官兵不慎落水，不仅不会被铠甲的重量带进水底淹死，反而还能提供浮力。
李国栋的淮军水师还装备了另外一种铠甲：藤甲，但水师的藤甲同他的马槊骑兵装备的藤甲又不同，水师藤甲使用的不是昂贵的贵州藤所制，而是普通的老藤制造，而且不用桐油浸泡过，所以也不容易被点燃。
即便是在大船上的水师官兵手里也有一副刀枪不入的藤牌，防护能力自然远胜于贼军水师。
一副木片或竹片制造的铠甲以及以老藤打造的藤甲都不便宜，打造这样的一副铠甲，需要耗费大量工时，因此贼军所谓的水师，根本就不可能配备上这些铠甲，贼军水师本来就不是正规水师，都是临时招募江边长大的村民、渔民、水匪和会水的流民组成，李自成和马守应都不可能给他们的水师配备上铠甲。
无任何防护能力的贼军水师对上明军水师，结果不用说也知道，明军水师小舢板上射去的箭矢是箭箭到肉，中箭的贼兵纷纷惨叫着倒下，或是一个跟头栽进水中。而明军水师官兵往往中了好几支箭矢，仍然可以开弓射箭。
施琅拿起单筒望远镜，看着前方江面的激战，他突然喊道：“没有人管住贼军火攻木筏了？传令下去，让快船冲去，烧毁贼军木筏！”
亲兵发出旗语信号，一艘艘快船以施琅的旗舰为中心，结成了阵型，向贼军的木筏杀去。
“准备炮弹。”施琅喊道。
快船上的火炉燃着熊熊炉火，有的炮手们把三磅实心炮弹放进火炉内，有的炮手则把定装药包装入炮膛，再把一块木板塞进去，顶实了。然后有人用火钳夹起已经烧得通红的炮弹，把炮弹放入炮口，再以铁钎顶到底。因为有一块厚木板阻隔，烧红的炮弹不会引爆火药。
距离贼军的火攻木筏近了，当只剩下不到百步的时候，施琅下令：“开炮！”
一艘艘快船船艏的火炮吐出火舌，烧得通红的炮弹飞出炮口，准确的击中贼军火攻木筏。通红的炮弹击中木筏上的柴禾堆，钻入柴禾堆内，打得柴禾纷纷飞散，灼热的炮弹点燃了浇了火油的柴禾，立即引燃熊熊烈火。
快船队冲过之后，江面上留下无数起火的木筏。
“撞上去，烧毁他们！”一名贼军水师将领声嘶力竭的吼叫。
三艘火攻木筏向施琅的快船冲来，施琅临危不乱，镇定自若的指挥水手操舵，凭借着快船的速度优势，轻松躲过了贼军的火攻木筏。当施琅的座舰从一艘尚未被点燃的火攻木筏边上擦肩而过的时候，快船上射下一排火箭，那艘木筏当即燃起熊熊烈火。
又是一艘火攻木筏向施琅的快船冲过来，快船船头的三磅炮射出一枚烧得通红的炮弹，点燃了那艘火攻木筏，但木筏仍然向快船冲来。
快船灵活的转身，避开了火攻木筏的冲撞之后，贼军的火攻木筏就再也无法追上这艘快船，燃起熊熊大火的火攻木筏顺流往下游漂了一段路程之后，就被烧得散了架。
施琅的蜈蚣快船避开了火攻木筏的攻击，往上游航行了一段距离。他发现，有不少火攻木筏被小舢板和快船漏过去了，正往下游己方的大船队漂去。他大喊一声：“转向，去追贼人的火攻木筏！”
蜈蚣快船转向，顺流而下的同时，船上的桨手拼命的划着桨，追赶那些正往下游漂的火攻木筏，蜈蚣快船上的火炮和火箭轮番射击，把一条条火攻木筏打得起了火。
还是有几条幸存的火攻木筏躲过了明军水师的小舢板和蜈蚣快船的猎杀，往下游逆流而上的明军炮舰冲去。
“下来的火攻船不多了，你只管去对付贼人的战船。”中军旗舰上的施福令人给儿子发出信号。
侥幸逃过猎杀的贼军火攻木筏只剩下七艘，就这几条小船，根本就别想靠近淮军的战舰。随着施福一声令下，一艘艘大型战舰横了过来，舷侧对准了正往下游漂下来的火攻木筏。
“沉住气，没有我的命令，谁都不许随便开火！”施福大喊道。
贼军一条火攻木筏往施福所在的中军旗舰猛冲了过来，距离越来越近，站在船尾舵楼上的李国栋都看得心惊肉跳，施福却沉住气，没有下达开火的命令。那条火攻木筏越来越近，当距离只剩下两百步的时候，施福才一声令下：“开炮！”
“开炮！”下层火炮甲板内，炮兵军官传达了施福的命令。
舷侧打开的炮门内，突然喷出一排火光，右舷的十五门十二磅红夷大炮同时开火，就像是一排闪电划过江面。
贼军火攻木筏上的贼兵，眼睁睁的看着前面闪烁过一排炫目的火光，接着就看到炮弹向自己的木筏砸来。还没等那些贼兵看清楚，所有的炮弹全部击中这条火攻木筏。炮弹打在火攻木筏上，柴禾纷纷飞了起来。穿过了柴禾堆的炮弹砸在木筏上，火攻木筏当即散架，浇了火油的柴禾纷纷落进水中，江面上只剩下一堆碎木头片和漂浮的柴禾。
第二艘火攻木筏扑了上来，李国栋的中军旗舰来不及装填炮弹，但甲板上的水手们以斑鸠脚铳远距离射击，打得操纵木筏的贼军水兵纷纷落水，距离近了些，大船上射下一排火箭，点燃了火攻木筏，接着战舰全速往前冲，无人操纵的火攻木筏从舰艉漂流而过，在江面上熊熊燃烧，不久就烧成了一堆碎片。
另外几条贼军的火攻木筏，也全部被淮军大型战舰打成了碎片，没有一条能够靠近大型战船。
李国栋指着被摧毁的火攻木筏对施福说道：“施将军，贼军的火攻船居然都能冲到我们大船跟前了，若不是我们小船挡了他们一下，说不定今天我们就会损失几条大船。”
施福笑道：“这长江上作战，同大海作战还是有不少不同之处。江面上，贼人的火攻船可以顺流而下撞击我们，若是到了海上，即便没有小船保护，贼人火攻船也休想靠近我们的大船。”
李国栋哈哈大笑：“幸亏今日施将军指挥得当，否则即便我军有大型炮船，恐怕也要损失惨重啊。”
“过奖了！”施福连忙躬身行礼，“卑职也只是粗通水战，侥幸遇上贼人不善水战，更兼伯爷水师将士服从命令，行动统一。由此可见，若是说陆上作战，恐怕无人能及伯爷。”
消灭了贼军的火攻木筏之后，贼军再无能够威胁到淮军水师的船只。淮军水师以十二艘大型战舰为核心，带着一群快船和大量小船，杀得贼军水师船只纷纷逃窜，江面上只留下一堆堆破碎的木板和浮浮沉沉的人头。