叶云可不管你第三次冲击来不来，他现在要做的就是破坏剧情，而他们所有的一起都是为了人类补完，而人类补完就必须让初号机觉醒。
初号机想要觉醒就必须先拥有s2机关（能量之源），也有人猜测初号机本身就有s2机关，吞噬十四使徒的s2机关只是为了激活自己体内的，不过是它本身就有还是需要激活都不重要，因为叶云是不会让他得到十四使徒的s2机关的。
……
碇真嗣的父亲为了继续自己的计划，提前将渚薰找回了本部，且使徒一个又一个接着出现，而为了避免造成出现意外，铭烟薇的出场机会被极大的减少了，到了最后更是让铭烟薇成为了替补。
铭烟薇为了这事去找过碇源渡，最后碇源渡居然直接撤掉了铭烟薇的驾驶员身份，那架原本属于铭烟薇驾驶的eva也被改为了傀儡控制系统，也就是无人驾驶。
铭烟薇的不公遭遇自然受到了众人的质疑，毕竟怎么说铭烟薇也是立下过不少汗马功劳的，可是现在却直接被撤除了驾驶员的身份，这让很多人都不服气，不公即便不服气，在众多高层的强压下，他们也没有办法。
不过这也并不是没有后遗症的，明日香就因为这件事跟碇真嗣闹得很不愉快，因为碇源渡是碇真嗣的父亲，而明日香想让他去跟他父亲求情，但碇真嗣却因为怯懦而不敢，于是两人闹掰了。
这件事只是持续了几天就沉寂下去了，因为使徒接连不断的出现，基本上平均每个星期都会出现一个，有时甚至是连着出现的，那个才被消灭，下一个使徒就被发现了，这让他们疲于奔命，根本就没有精力再去想其他的东西。
随着一个个使徒的倒下，很快就轮到第十四使徒了，这第十四使徒是力天使，也是碇源渡为初号机选择的目标，不过叶云可不会让碇源渡如愿，于是他在所有人都准备备战使徒的时候，他先一步进入了之前铭烟薇驾驶的EVA机体当中。
eva的控制是依靠lcl这种类似于羊水的物质让驾驶员跟eva连接并控制的，不过叶云的精神何其强大，他根本就不需要这些东西的连接，他用自己的精神力就直接控制了这台EVA。
EVA才启动，控制台那边就发现了，不过叶云控制的eva跟他们控制的可不一样，所以他们那些改变lcl浓度，切断神经元连接，切断电源之类的统统没用。
发现这台eva无法控制，碇源渡当即下令，启动其他的eva，一定要控制住他，而初号机则前去迎战第十四使徒。
碇源渡的这个想法也不能说有错，但他太低估了叶云，仅仅不到半分钟，零号机，二号机，以及新到的四号机就被叶云打趴下了，而此时初号机才弹射到地面。
击败其他机体的叶云没有停留，而是直接冲出了基地，然后以一种华丽的方式从天而降，一脚将正在单方面吊打初号机的十四使徒踢飞，再然后直接用AT立场将十四使徒挤爆了，而那S2机关自然是被叶云控制这EVA吃掉了。
这东西就是EVA的能源核心，有了它叶云就不用再找其他的能源供给EVA了，而当在指挥部的碇源渡看到这一幕的时候，脸上阴沉的几乎能滴出水来，因为他的计划已经是失败了一大半。
碇源渡握紧了拳头，深吸了口气，平静的说道：“给我连接二号机?改，我要跟他通话。”
工作人员听到他的话，连忙接通了二号机?改的通讯。
“叶云，亚当是不是在你的手上。”
碇源渡的话相当的直白，而且他的话中充满了肯定，他相信，亚当确实就在叶云的手上。
叶云看着前面显示屏当中面沉如水的碇源渡，笑道：“亚当确实在我手里，不过也不在我的手里，他在一个非常安全的地方，最危险的地方就是最安全的地方。”
说完这话，叶云直接切断了跟碇源渡的联系，控制着二号机?改急速往海边赶去，并很快就摆脱了他们的监控，消失在茫茫大海当中。
其实叶云并没有深入，他摆脱了碇源渡他们的监控之后就将eva收进了人种袋当中，自己则悄然回到了第三冬京市，不过他没有回到原来的住处。
在叶云做这些的时候，另一边的铭烟薇并没有离开，而因为这段时间刻意疏远，且主神给他们安排的身份也仅仅只是同事兼邻居，所以铭烟薇并没有收到什么牵连，只不过现在她是别想接触EVA了。
铭烟薇之所以没有受到牵连，其实还跟叶云之前说的那句话有关，碇源渡从叶云那句中推断出，亚当可能还在地下基地，所以他只是随便审问了一下铭烟薇就算了，他现在最想做的其实是找到亚当，这才是他心中最重要的事情。
没有了人种袋的屏蔽，渚薰靠着跟亚当肉身的联系，很快就找到了那个放在训练室的箱子，而得到箱子之后，碇源渡一刻也不想停留，直接将亚当移植到了自己的身上。
已经回到第三冬京市的叶云并不知道碇源渡因为他的事，一找到亚当就迫不及待的要将亚当移植到自己的身上，他此刻正在跟系统沟通，对于系统入侵这个世界到达那个地步了，他还是非常关注的。
然而就在此时，叶云突然感觉到脑袋传来一阵眩晕感，当眩晕感消失之后，他感觉到一股股能量不断的从他的身上冲出，而如果他没猜错的话，刚才那阵眩晕感就是因为系统瞬间的能量的输出太大，让他一下子无法适应。
“系统，发生什么事情了？怎么能量的输出一下子提高了这么多？”发现这种情况，叶云当即就像系统询问，他想知道刚才到底发生了什么。
“碇源渡死了。”系统的回复很简单，但这句话蕴含的信息却太震撼了，震撼到叶云都有点不敢相信。
许久之后，叶云才缓缓呼了口气，暗道：“怎么死的？”
“移植亚当的时候被旁边的渚薰杀死了。”
叶云：“……”
这是什么操作？居然被渚薰杀死了，这渚薰不是碇源渡这边的吗？不过居然当着本人的面将别人的身体移植到自己的身体上，而且还计划要杀死对方，好让自己成神，这也真是做得一手好死。