石亨本来因为违犯了军法被削职，是于谦请求明代宗宽恕了他，让他总理十营兵，但因为害怕于谦不敢放肆，也不喜欢于谦。
德胜门一仗的胜利，石亨的功劳并不比于谦大，而得到世袭侯爵，内心有愧，于是上书推荐于谦的儿子于冕。
明代宗下诏让他到京师，于谦推辞，明代宗不准，于谦说：
“国家多事的时候，臣子在道义上不应该顾及个人的恩德，而且石亨身为大将，没有听说他举荐一位隐士，提拔一个兵卒，以补益军队国家。
而只是推荐了我的儿子，这能得到公众的认可吗？我对于军功，极力杜绝侥幸，绝对不敢用儿子来滥领功劳。”
石亨更是又愧又恨，都督张辄因为征苗时不守律令，被于谦弹劾，和内侍曹吉祥等都一向恨于谦。
公元1457年，明代宗朱祁钰病重，正月壬午，石亨和曹吉祥、徐有贞迎接英宗恢复了帝位，宣谕朝臣以后，立即把于谦和大学士王文逮捕入狱。
诬陷于谦等和黄囗制造不轨言论，又和太监王诚、舒良、张永、王勤等策划迎接册立襄王，石亨等拿定这个说法，唆使科道官上奏。
都御史萧维祯审判定罪，坐以谋反，判处死刑，王文忍受不了这种诬陷，急于争辩，于谦笑着说：
“这是石亨他们的意思罢了，分辩有什么用处？”
奏疏上呈后，英宗还有些犹豫，说：
“于谦是有功劳的。”
徐有贞进言说：
“不杀于谦，复辟这件事就成了出师无名。”
明英宗的主意便拿定了，正月二十三日，于谦被押往崇文门外，就在这座他曾拼死保卫的城池前，得到了他最后的结局——斩决。
史载：天下冤之！遂溪的教谕吾豫说于谦的罪应该灭族，于谦所推荐的各文武大臣都应该处死。
刑部坚持原判这才停止了，千户白琦又请求写上他的罪行，刻板印刷在全国公布。
政治上，于谦敢于为民请命，严惩作奸犯科权贵，而受到排挤打击。
人家当官前呼后拥，尽显官威，于谦当官便服一套，瘦马一匹，同僚并不以其为谦虚清廉，却说他坏了官场规矩。
军事上，于谦主张兵贵在精，将贵谋勇，用兵贵在临机应变，提倡“将士相习”，“管军者知军士之强弱，为兵者知将帅之号令”，所创团营之制，对明朝兵制影响很大。
文学上，于谦诗作归隐情怀的表达与慷慨悲凉的风貌预示了诗坛风气的转向。
在台阁体流行的高峰期，文人们是忌讳表达激烈的情怀与悲伤的情感的，从而保持了其创作风格的雍容，以便发挥其鸣盛的政治作用。
思想上，于谦重名节，轻名利，重成仁，轻杀身，重社稷，轻君王。
于谦一生都在家里恭恭敬敬地供奉文天祥的遗像和牌位，就像供奉自己于家的祖先一样，甚至比供奉自家的祖先还要虔诚。
据传于谦出生前的那个晚上，他的父亲于仁做一个梦，梦见一个绯袍金幞的神对他说：
我感动于你们于家对我的供奉，也感动于你们于家一门忠义，所以我文天祥打算转世投胎，来做你们于家的子嗣。
于仁听了这话大吃一惊，赶快口称逊谢，说不敢当，但梦中那位金神说完转眼就不见了。
于仁醒来不久，于谦就出生了，而于仁之所以给孩子起名叫“谦”，就是“以志梦中逊谢之意”，就是说对于文丞相的盛意，他心里还一直惴惴受之不安。
于谦自从土木之变以后，发誓不和敌人共生存，经常住在值班的地方不回家。
于谦一向有痰症病，明代宗派太监兴安、舒良轮流前往探望，听说他的衣服、用具过于简单，下诏令宫中造了赐给他，所赐东西甚至连醋菜都有了。
于谦又亲自到万岁山，砍竹取汁赐给他，有人说明代宗太过宠爱于谦，兴安等说：
“他日夜为国分忧，不问家产，如果他去了，让朝廷到那里还能找到这样的人？”
到抄家的时候，于谦家里没有多余的钱财，只有正屋关锁得严严实实，打开来看，只有朱祁钰赐给的蟒袍、剑器。
于谦死的那天，阴云密布，全国的人都认为他是冤枉的，有一个叫朵儿的指挥，本来出自曹吉祥的部下，他把酒泼在于谦死的地方，恸哭。
曹吉祥发怒，鞭打他，第二天，他还是照样泼酒在地表示祭奠，都督同知陈逵被于谦的忠义感动，收敛了他的尸体。
过了一年，于谦的养子于康将其归葬于杭州西湖南面的三台山麓，陈逵是六合人，曾被推举为有将领之才，是从李时勉门下举荐的。
皇太后开始时不知道于谦的死，听说以后，叹息哀悼了几天，英宗也后悔了。
于谦已死，由石亨的党羽陈汝言任兵部尚书，不到一年，所干的坏事败露，贪赃累计巨万，明英宗召大臣进去看，铁青着脸说：
“于谦在景泰朝受重用，死时没有多余的钱财，陈汝言为什么会有这样多？”
石亨低着头不能回答，不久边境有警，明英宗满面愁容，恭顺侯吴瑾在旁边侍候，进谏说：
“如果于谦在，一定不会让敌人这样。”
明英宗无言以对，这一年，徐有贞被石亨中伤，充军到金齿口，又过了几年，石亨亦被捕入狱，死于狱中。
曹吉祥谋反，被灭族，于谦事情得以真相大白，明宪宗成化初年，将于冕赦免回来，他上疏申诉冤枉，得以恢复于谦的官职，赐祭，诰文里说：
“当国家多难的时候，保卫社稷使其没有危险，独自坚持公道，被权臣奸臣共同嫉妒，先帝在时已经知道他的冤，而朕实在怜惜他的忠诚。”
这诰文在全国各地传颂，公元1489年，采纳了给事中孙需的意见，追赠于谦为特进光禄大夫、柱国、太傅，谥号肃愍，赐在墓建祠堂，题为“旌功”，由地方有关部门年节拜祭。
公元1590年，于谦改谥为忠肃，杭州、河南、山西都是历代奉拜祭祀不止。
公元1751年，乾隆帝南巡，为于谦题写匾额“丹心抗节”。