在随后的三天时间里，商毅也下令商家军，向驻守在南京城里的清军发动了连续的进攻。
而这时清军在南京城里的驻守兵力只有四万左右，在兵力己经不占多少优势，但火器部队大半都留在了南京，由其是火铳兵，还有近万人，另外还有火炮百余门。因为在此前的战斗中，商家军一直都是保持守势，而这一次商家军却主动进攻过来，因此阿济格也觉得，这个机会也十分难得，到是可以和商家军一战。从前几天的经验来看，和商家军的作战，最好的办法还是以火器来对付火器，现在自己也有足够的火器部队了，应该可以和商家军展开正面战斗。
在经过十几天的反复拉距之后，南京中部城区的建筑己被催毁了大半，只剩一间间残辕断壁，依稀还保留着几分城市的格局，另外还有好几处街道的大火未灭。街道满是碎瓦残砺，而且百姓的尸体也随处可见。
这一战商家军出动的是李定国的第九师，兵力为一万左右，而清军也出动了一万二千人，包括有五千火铳兵、和二千弓箭手。两方的兵力大致相当，但因为是在城市中作战，中重型火炮难以定位瞄准，不过在九师的炮兵团中，有两个炮兵营无法参战，因此实际的兵力只有八千五百人，比清军要少一些。
在李定国下令进攻之后，八师的两个步兵团立刻分散成以营为单位，向前突进，而每个营又是以二个连为一组，一个连突前，一个连稍后掩护，并伺机使用小型火炮支援，这样一共分为十六个小队，展开面几乎覆盖了整个中部城区。虽然这时城区基本都被催毁，但在废墟中仍然可以找到许多掩体，因此各营在突进的过程中，各自寻找掩体掩护自己，然后依次前进。
商毅在鼓楼看得十分清楚，清军是以火铳兵、弓箭兵和其他士兵合作成纵队，从街道向前推进。不过现在清军的主导思想依然还是逼近商家军之后，进行近身的作战，火铳兵和弓箭手只是为其他士兵提供火力掩护，最终还是依靠近战来结束战斗，因此并没有像商家军那样依赖于掩护。但还是将兵力分散展开，向商家军这边逼近过来。
不过经过十几天的城市战之后，清军也积累了不少巷战的经验，知道在城市中作战，不能将兵力扎推，而是要尽力将兵力展开，才能发挥自己在兵力的优势，另外厚重的盔甲也影响了士兵们的灵活性，因此清军的弓箭手和火铳兵也都换了轻便的皮甲，只有长枪兵还穿着厚甲，以便在接身作战的时候取得优势。至少和十几天以前相比，清军的巷战水平确实有了不小的进步。
这时在战场，有些街道的双方士兵己经进入了射程，在掩体后面己经做好了准备的商家军士兵立刻向清军开枪射击，一阵枪声响起之后，受到打击的清军也纷纷寻找掩体后面躲避，而火铳兵和弓箭手也都开始还击，重甲步兵也马退后，把阵地交给火铳兵和弓箭兵。这时商家军押后的队伍也速度赶了来，利用残墙的掩护，加入了战局中。
双方你来我往，用火枪弓箭互相对射，枪声也响个不停，确实有几分近代战争的味道了。
但很快清军就发现，这样互相对射，对自巳非常不利，因为商家军是人手一支枪，可以全部投入战斗，而清军有相当一部份兵力不能参与这种对射中，再加商家军全是使用的火帽撞击发射的燧发枪，在射程比清军使用的火绳枪要略远，但射击速度却要快了近一倍，而清军的弓箭射速到是很快，精度也很高，但在射程却要短了近一半，因此双方刚一接触，清军就明显处于下风。
不过因为现在双方是互相对攻，因此商家军的火力并不强，而且在经过了最初的打击之后，清兵也都巳经隐藏好了自已的身形，虽然对商家军造不成什么危胁，但清军的损失也并不大。
但这时清军的重甲步兵虽然退出了商家军的一般步枪的射击距离，但却仍在线蹚枪的射程之内，每一队商家军都有十名狙击步兵压阵，这时虽然清军的火铳兵和弓箭手都找到了掩体躲藏，但最后的重甲步兵却马成为狙击步兵的猎杀目标。
而且因为重甲步兵的阵形密集，几乎根本就不需要怎么样瞄准，一枪一个。同时有的狙击步兵还找到致高点，居高临下的射击，这样一来有些躲在掩体后面的清兵，也在狙击手的打击范围以内。虽然每一队商家军所带的狙击步兵都不多，但时间长了,对清军的打击还是不小。因为这种只能挨打，而不能还手的局面，是非常打击清军的士气。
这时在各条街道，商家军基本都和清军全面接了火，不过各条街道的战斗情况也各有异同，双方互有进退，各有攻守，一时也打十分激烈。
不过从总体态势来看，清军明显是处于下风。这一方面是因为商家军在武器占有明显的优势，不仅是火枪的性能强过淸军，而且还有手榴弹、小型野战炮，肩扛式霹雳火箭等等多种武器，相互配合作战，远比清军单一的使用火枪要胜强得多。另外尽管清军也开始偿试着使用火器作战，但在观念，传统的习惯仍然沒有改变过来，还是把火器当作辅助手段来用，主导的战术思想依然还是靠近商家军之后，进行近身作战。再加清军仍然缺少打城市战的经验，虽然找到一些感觉，但和商家军使用后世成熟的城市战经验相比，还差得很远。
体现在战斗中，如果商家军防守，清军一般很难突破商家军的防线；而在清军防守的时候，商家军却有多种办法进攻，不仅可以利用线膛枪是肩扛式霹雳火箭在射程优势压制清军，或者在稍后的地方，使用小型火炮，以曲射的方向打击清军，甚致还以火力掩护，派出精锐的突击士兵，利用层层掩体的保护，逐渐靠近清军的防线，然后用手榴弹投炸。因此在兵力相差不大的情况下，清军根本就不是对手。
就算是在有的街道，清军能够靠近商家军，展开近身作战，但也依然占不到什么优势。虽然淸军也学会了在火铳加一把刺刀，但使用刺刀的套路，仍然差得远。
虽然看起来在枪管插一把刺刀之后，好像是和一把长枪差不多，其实差别还是相当大的，如果用长枪的套路来拼刺刀，会死得相当惨。因为一般步兵使用的长枪长度都在两米五到三米之间，而火枪加刺刀，只有一米六到一米七左右，仅仅就是长度的差别，就会让使惯了长枪的清兵非常不适当。
而且长枪的枪杆就是一根光滑的木杆，双手可以在枪杆轻易的滑动，以变化招式，而火枪的握枪姿式是一手托枪柄，一手握枪中端，基本不会变。那么使用的套路自然就大不相同了。
商家军的刺刀技术是商毅教授的。招术虽然简单，一共也就那么五六下，但都是在后世经过了机算机的分析之后得出的最直接、最有效，也是最能发挥刺刀优势的刺杀技术，可不是清兵那种半吊孑的刺杀水平所能相比的。因此除了清兵的重甲步兵以外，淸军的火铳手和商家军的士兵拼刺刀，也是十战有七八输。
而清兵的重甲步兵虽然近战能力非常强，但却因为盔甲太重，不够灵活，如果是在开阔平坦的地区作战，可以利用整体的优势，来弥补这个弱点，但在城市中，却只是依靠少数几个士兵来协调作战。这样这个弱点也就被放大了。而且商家军的士兵根本就不会和他们硬碰，多数都是釆用前排的战士游斗吸引，后排的战士用火枪射击，或是扔手榴弹炸，来解决对手。
不过尽管商家军占到了较大的风，不过清军也并不是不堪一击，也同样给商家军造成了相当的损伤，毕竟淸军也开始大量使用火器，使双方的差距拉近了不小，射程不够，可以靠近之后再射击，因为双方是在对攻，商家军的火力并不凶猛，也给了清军不少靠近的机会，由其是清军的弓箭手，射术相当精准，一但进入弓箭的射程，至少有七八成的命中率，而且一但近身作战之后，双方的战斗力就更接近了，并不在是像开战之初那样，呈完全的一般倒局面。
但经过了一番拉据战之后，清军终于还是全线溃败，都退进了皇城里。这一战清军一共战死了三千二百七十一人，受伤一千一百五十二人。而商家军这一边也战死了七百八十七人，伤四百二十三人。双方的损失比约在一比五以内，但考虑到这次清军投入的兵力并不占绝对优势，因此也算是不小的进步了。
而阿济格见这样打下去，还是对清军也不利，因此在第二天也不在出战，一门心思在皇城驻守，等待着吴三桂和尚可喜这两部人马赶到南京来。