这一战一直打到了第二天正午才结束，叛军的主力终于被商家军击溃。但由于战场过于零乱, 因此直到当天傍晚时分，战果才初步统计出来，这一战一共杀死叛军二万五千余，其中有近半数是烧死或自相践踏而死，生擒一万五千余人，才加上散逃的叛军，可以说确实是其本消灭了叛军的主力。而商家军自身的伤亡还不足百人。
不过叛军的主将马进忠又一次逃脱了性命，但这时他身边也只剩下两三百余人了，马进忠心里也知道，这一次基本可以算是全军覆没，虽然主要是因为商家军过于强大的原因，但自己身为全军的主将，自然也是难逃其责，回到杭州只怕也没有好结果。而且遭此一败，玄皇教也元气大伤，十年之内，恐怕难以再有大作为了。因此马进忠也不回杭州，带着这二三百人逃离了浙江，脫离玄皇教另寻去处。
商毅对战果也十分满意，在第二天只留了杨武丞的骑兵营、一个新兵营和辅兵看守俘虏，率其余的人马，趁胜进军，去攻取杭州。
那知商家军的人马到达了杭州城西北角的武林门前的时候，只见武林门的城门大开，吊桥放下，全无设防，竟然沒有一名叛军的士兵守卫。不过隐隐听到城中有喊叫的声音，而且不时还有百姓从城里跑了出来，还都是十分惊慌的样子。
商毅也不禁觉得有些意外，拦住了几个跑出来的百姓询问，杭州城里，到底发生了什么事情。
见是官军来了，百姓们才稍稍有些放心，这才向商毅说起城中的情况，原来自从叛军占领了杭州城之后，对城中的大户富豪人家里进行掠夺，钱财物资抢获一空，充为军用，当然这期间也杀了不少人，但对一般的平民百姓，甚致是小康之家，没有过多的迫害，更没有像流寇那样屠城，而且城中的秩序也有一定的恢复，毕竟叛军是打算把杭州作为自己的根据地。
但不知为什么，从昨天晚上开始，叛军的士兵就在城中四处抢夺，也不分富户穷人，见什么抢什么，稍有反抗就格杀勿论，还放火烧毁了一些房屋。因此城中的秩序也大乱了起来。而且在天亮之后，有人看见一部份叛军赶着马车，逃出城去。但城里还是留下了不少叛军，同时也更为凶恶，烧杀抡掠，什么事都做，于是许多百姓都逃出城避难。
商毅听他们说完之后，估计是玄皇教见大势以去，死守杭州城以经毫无意义，因此只完留下一部份精英，撤离杭州，或隐居起来，或另投他处，而其他招募拉陇的叛军士兵，也就都弃之不理了。而其他被弃的士兵无人约束，又充满了绝望的情绪，只能借用杀人放火来发泄，当然也有人是想抢完一票之后跑路，结果造成了杭州大乱。这到是很有可能的事情。
不过虽然是这样想，但商毅也不敢大意，命段鹏先带一个侦察连进城，观察城中动景，是否如事所说，并且占领武林门的城楼和城门。
段鹏领军进城之后不一会儿，就派人回报，以经完全控制了武林门，城中确实一片混乱的样子，而且也沒有人组织抵抗。
其实商毅在城外也看得十分清楚，有一部份商家军以经蹬上了城楼，还有一部份就守在城下，确实完全控制了武林门。于是商毅立刻下令，全军进城。
大队人马进城之后，商毅蹬上了城楼，向城中看去，城里确实是一片混乱，满街都是跑的居民，地上还躺倒了不少尸体。因此啇毅立刻下令，留下第二团的火炮营守住武林门，自己和周少桓带一个火枪营、二个侦察连和两个新兵营去占领州府衙门，剩余的一个火枪兵营和一个长枪兵营都分散成以连为单位，立刻在城中去制止叛军的暴行，将他们全部都抓到州衙来，敢反抗者一率格杀匆论。
商毅领军赶到了杭州的府衙门，这里早己以人去楼空，商家军毫不费力就打开了府衙的大门，占领了府衙。随后商毅又分派三个新兵营，分头去攻占杭州城的各个城门，不许进出。
杭州曾经是宋朝南渡之后的都城，在南宋时期，共有十三座旱门，五座水门。而南宋灭亡之后，元、明以来，杭州城已固定为十个城门。分别为东有庆春门、清泰门、望江门，南有候潮门、凤山门，西为钱塘门、清波门、涌金门，北为武林门、艮山门。都要分派兵力把守。每个城门分派一个连把守，剩下的三个连则留在府衙，准备看守俘虏。
这时叛军正在城中肆意施暴，但很快就发现，街头巷尾，出现了一队队衣甲鲜明整齐的军队，有人首先喊，命令他们放下兵器，立刻束手就擒。
叛兵当然不甘心就这么缚绑，但对方也不多和他们废话，喊了两遍不见他们有所行动，就立刻举枪射击。枪声响过之后，叛军们顿时纷纷倒地毙命，而其他的叛兵见势不妙，马上四处逃窜。当然也有一些横的叛军不服，还想冲上来动手，结果还没等他们冲到近前，就被弹丸击中倒地，就算有一部份人侥幸冲到商家军的近前，但等待着他们的，是雪亮的刺刀。
虽然商家军中还有一部是长枪兵，但商家军的长枪兵，也不是现在叛兵这样的乌合之众所能抵抗的，双方动手的结果，无一例外的都是叛军倒地身亡。
知道了商家军的厉害之后，叛兵也不敢反抗，有小部份趁乱逃跑, 躲藏了起来，绝大部份都扔掉了武器，举手投降，被押到府衙前的大广场看押。
到了响午过后，在商家军雷厉风行的打击之下，杭州城里的动乱以经基本平定了下来，随后在商家军的组织指挥下，又去扑灭了城中的火势，好在叛军并不是诚心要放火烧城，因此火势并不大，到接近黄昏的时候，终亍都灭了。虽然还是有不少房屋被烧毁，而且死伤了不少居民，但就整个城市来说，损失并不算大，比起被张献忠焚为一炉的武昌来说，根本就不算什么。
而商毅终于也松了一口气，这杭州总算是拿下来了。立刻又命令城外的士兵押着俘虏开拔进城，同时又清理城中的尸体残籍。
在城中被商家军打死的叛兵有一千五百多人，而衼抓到府衙前看押的叛兵，却有近两千余人。城中百姓死伤了近四千余人，民房被烧毀了六十余间，另有二百多间店辅被砸被抢，五千多名百姓受伤。因此在这天夜里，整个杭州城里到处都可以听到哭声，情景也颇为凄惨。
商毅心理虽然也有些凄凄，但这种事情现在也见得多了，心肠也硬了许多，同时虽然占领了杭州，还有许多善后的事情需要处理。正好这时杭州的中下层官吏知道朝廷的大军收复了杭州，也纷纷到府衙来拜见商毅，并且带来了杭州的户籍、府库、鱼鳞册等。其中有推官兰秉浩、经历杨堪、知事万绍华、照磨季峻、书办田斌文、主薄肖方忠等，以及衙役班门，公人差使，一共有二三十号。
他们基本都是中下级的官员，最大的推官也不是正七品，如文书、主薄还没有品级，连官都算不上，属于吏员一类。在中国古代的地方政务，与其说是“官治”，倒不如说是“吏治”。自宋以降，府州县的地方官几乎全是从科举中选拔出来的。做“之乎者也，子曰诗云”一类的道德文章是拿手，但治理地方的行政事务却是一知半解，除了各种事务都有一套繁琐的程式，基本法令之外，应该援引或可以类推的成例更是多如牛毛。
再加上古代的法制不建全，因此某件公事该依哪一条法令或哪一项规定去处理，在律令和会典等书籍中都找不到，只能从以往出现过的成例套用，以保万无一失。否则万一出点纰漏或被上司找出了岔子，轻则驳回，重则训斥，说不定还会为此而丢官罢职？而这方面只底下具体办事的人才淸楚。
而当官的为了不出错，或者嫌麻烦，只能把这些事情都托付给底下的三班六房的衙役书办主薄等人去处理。结果知府知州这类正式的地方官员反而被架空，而身份卑微的吏员，却在实际上把持着地方行政权力。
吏员不属官员，没有品级，也没有晋升的可能，往往都是世袭，这也是中国历史上有一个政治现象，称为“官无封建，而吏有封建”，因此他们大多数人也没有什么道德关念，平时和当地的大户勾结，中饱私利，坑害百姓。淋尖踢斛、折色火耗等话计基本都是他们在俱体操作。
而他们对朝廷也没有多少忠心，一但改朝换代发生，也轮不到他们头上来，因为无论是谁来当官，也离不开他们，永远是不倒翁，因在叛军攻下了杭州之后，他们向叛军投诚，现在商毅收复了杭州，又立马都倒向了商毅。
这些陋习商毅心里当然清楚，但目前来说，暂时还不能动他们，而且户籍、府库册、鱼鳞册等资料也是十分有用的东西，因此也不动声色的接纳了他们。